小编sta*_*tar的帖子

我有如下数据,我想替换"." 空间使用gsub()但我无法得到正确的输出.

data<-c("12.57869486" ,"12.57869582" ,"12.57870155")

a<- gsub("."," ", data)
a
[1] "           " "           " "           "

我有一个像下面这样的矢量:

x= c(1,23,4,15,8,17,21)

在向量中的排序值后,我们有:

c(1,4,8,15,17,21,23)

我需要的输出是:

c(3, 3, 4, 2, 2, 2, 2) 

其中包含值与其最接近值之间的差异.

但是,如果我想要输出没有排序,有什么解决方案吗？我需要像c(3,2,3,2,4,2,2)这样的输出来知道哪个样本在输出表中具有最大值(这里是第5个值是结果)

我有一个散点图,我想知道如何在置信区间线上方和下方找到基因？

编辑:可重复的例子:

library(ggplot2)
#dummy data
df <- mtcars[,c("mpg","cyl")]

#plot
ggplot(df,aes(mpg,cyl)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()

我有一个巨大的文件（下面是一小部分数据），如下所示，我想绘制一个 PCA，我可以使用 PCA 函数绘制 PCA，但它看起来有点乱，因为我有 200 列，所以我想也许 t- SNE 或 UMAP 效果更好，但我无法使用它们进行绘图。

我想在图中显示列（列名称）之间的关系和聚类。事实上，我从不同的研究中收集了 A、B 和...数据，我喜欢检查它们之间是否存在批次效应。

如果有人能帮助我，我将不胜感激！

DF:

                            A              B             C           D
1:540450-541070    0.12495878     0.71580434    0.65399319  1.04879290
1:546500-548198    0.41064192     0.26136554    0.11939805  0.28721360
1:566726-567392    0.00000000     0.06663644    0.45661687  0.24408844
1:569158-570283    0.34433086     0.27614141    0.54063437  0.21675053
1:603298-605500    0.07036734     0.42324126    0.23017472  0.29530045
1:667800-669700    0.20388011     0.11678913    0.00000000  0.12833913
1:713575-713660    7.29171225     12.53078648   2.38515165  3.82500941
1:724497-727160    0.40730086     0.26664585    0.45678834  0.12209005
1:729399-731900    0.74345727     0.49685579    0.72956458  0.32499580

我有两个数据框如下,我想比较这些表的值(基于相同的行和列)和指定相同的值与TRUE否则与FALSE.

data1:

      id              A               B              C
      m1              2               2              2
      m2              2               1              2

data2:

      id              A               D              B
      m1              1               2              2
      m2              2               3              2


Output:

      id                  A             B
      m1              FALSE          TRUE
      m2              TRUE          FALSE

我有一些基因组位置，我想使用biomaRt R包在Ensembl的基础上注释这些位置（查找Ensembl基因ID，外显子，内含子等特征）。

我数据的一部分

  chr       start        stop     strand
chr10   100572320   100572373          -   
chr10   100572649   100572658          +   

我有两个包含三个变量的数据集。我想在世界地图上将其中一个显示为热图，两个显示为饼图。

我使用了下面的代码，但出现了错误。我想知道如何解决它。

library(ggplot2)
library(scatterpie)

world_map <- map_data("world")
df <- data.frame(Country = c("USA", "Canada", "Mexico"),
                          Cases = c(10, 20, 30))
df_piechart <- data.frame(long = c(-95, -110, -75),
                                   lat = c(37, 60, 20),
                                   size = c(5, 10, 15),
                                   Group1 = c(20, 30, 50),
                                   Group2 = c(30, 40, 30))

ggplot() +
 geom_map(dat = world_map, map = world_map, aes(map_id = region), color = "white", fill = "#d3d4d3", linewidth = 0.5, alpha=0.4 ) +
 geom_map(dat = df, map = world_map, aes(map_id = Country, fill = …