小编sig*_*eta的帖子

我使用包的forceNetwork()功能创建了蛋白质突变网络 networkD3.它将在RStudio的"Viewer"窗格中呈现.

然后我可以将其保存为HTML文件,用于共享,保留动态特性(如点击节点,突出显示连接等).

我的网络图的png版本如下所示:

这是我原始数据中前20%的代表,完整的数据看起来更加庞大和复杂.

我需要能够向此forceNetwork添加搜索,以便特定节点可以位于复杂的网络中.通过编辑软件包networkD3和重新打包的副本,可以轻松实现javascript或jquery部分.但我的主要挑战是添加html代码以包含搜索框.

我的主要R代码如下所示:

library(networkD3)
library(XLConnect)

wb <- loadWorkbook("input.xlsx")
nodes <- readWorksheet(wb, sheet="Node", startRow = 1, startCol = 1, header = TRUE)
links <- readWorksheet(wb, sheet="Edges", startRow = 1, startCol = 1, header = TRUE)


fn <- forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes,
                   Source = "Source", Target = "ID", Value = "Combo",
                   NodeID = "Mutation", linkDistance = JS('function(d){return d.value * 50;}'), 
                   Nodesize = "IF", Group = "Combo", radiusCalculation = JS("d.nodesize+6"),
                   zoom = T, bounded …