小编Man*_*hah的帖子

R中具有分层节点,标签和值的xml解析器

我正在尝试从以下xml文件解析sample_attributes(最好是全部)。尝试了几件事,但XML陷入了一个节点:

xml.url <- "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERS445758&display=xml"
xmlfile <- xmlTreeParse(xml.url)
xmltop = xmlRoot(xmlfile)
IBDcat <- xmlSApply(xmltop, function(x) xmlSApply(x, xmlValue))
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

这里还提到了尝试过的解决方案: 如何将XML解析为R数据帧, 以及如何从xml文件创建R数据帧,但是当我尝试类似的操作时:

data <- xmlParse("http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERS445758&display=xml")
xml_data <- xmlToList(data)
xmlToDataFrame(nodes=getNodeSet(data,"/SAMPLE_ATTRIBUTE"))[c("age","sex","body site","body-mass index")]
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我收到一条错误消息,指出未定义的列已选中

任何帮助将不胜感激,谢谢!

xml r xml-parsing

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