我想知道如何量化Needleman-Wunsch算法的结果(通常用于比对核苷酸/蛋白质序列).
考虑到一些固定的评分方案和不同长度的两个序列S1和S2.假设我们计算每个可能的对齐S1和S2蛮力,最高得分对齐有一个分数x.当然,这比Needleman-Wunsch方法复杂得多.
当使用Needleman-Wunsch算法找到序列比对时,假设它有一个分数y.
考虑r到是通过EMBOSS软件包生成两个随机序列的得分R1和R2.
怎么x比较y?是y始终大于r已知的同源性的两个序列?
一般来说,我确实理解我们使用Needleman-Wunsch算法来显着加快序列比对(与蛮力方法相比),但不了解随之而来的准确性成本(如果有的话).我曾经阅读过原始论文(Needleman&Wunsch,1970),但仍然留下了这个问题.
string algorithm bioinformatics sequence-alignment needleman-wunsch
例如,在 Razor Pages 中,如果您要调用,则非常方便,
http://localhost/foo?bar=42
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在对应的模型中,barkey在OnGet构造函数中自动访问
public IActionResult OnGet(int bar)
{
System.Console.WriteLine($"bar is {bar}");
}
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但是如果查询参数是poo呢?
http://localhost/foo?poo=42
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然后在模型中,bar没有得到值 42。
如此简单,获取变量以匹配查询参数键。但是如果键是连字符的呢?
http://localhost/foo?foo-bar=42
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foo-bar绝对不是一个可接受的变量名。如何访问此查询参数?这里的规则是什么?
在我的特定情况下,我别无选择,只能接收这些带连字符的查询字符串参数。另外,我在.net core 2.2。