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我有2个文件,我想用R组合.

head(bed)
chr8 41513235 41513282 ANK1.Exon1
chr8 41518973 41519092 ANK1.Exon2

第一个是给出间隔和它们的名字.(染色体,从,到,名称)

head(coverage)
chr1 41513235 20
chr1 41513236 19
chr1 41513237 19

第二个是为单个基地提供保险.(染色体,位置,覆盖范围)

我现在想要在每个职位旁边写下每个外显子的名字.这将导致某些位置没有"外显子",我想在之后删除.

我想出了如何做我想做的事情.但是它需要3个循环和大约15个小时的计算时间.因为for循环不是R中的最佳实践,我想知道是否有人知道比以下更好的方法:

coverage <- cbind(coverage, "Exon")
coverage[,4] <- NA

for(i in 1:nrow(bed)){
 for(n in bed[i,2]:bed[i,3]{
  for(m in 1:nrow(coverage)){
   if(coverage[m,2]==n){
    file[m,4] <- bed[i,4]
   }
  }
 }
}

na.omit(coverage)

由于所有三个位置都在intervall"ANK1.Exon1"中,因此输出应如下所示:

head(coverage) 
chr1 41513235 20 ANK1.Exon1 
chr1 41513236 19 ANK1.Exon1 
chr1 41513237 19 ANK1.Exon1