小编Har*_*ld 的帖子

我在一个程序包中有一些C ++代码，我想对其进行单元测试，并且不想导出到R。我已经看到：

对R包的/ src文件夹中的代码进行单元测试？

我要测试的代码属于第二类：

或者，您认为您的C代码更独立，在这种情况下，您可以使用一种不计其数的C单元测试框架。

如果要从C ++进行测试（而不是使用R框架），那么设置测试套件的最佳方法是什么？您是否放入C ++测试tests/，然后在某个地方有一个main的C ++程序，还是编写驱动程序函数来执行所有C ++测试，然后从R中调用它？

我想也可以通过自动进行测试是一个好主意R CMD check，但我不清楚如何使用R包框架实现自动化。

我有一个等高线图,我想添加一个geom_path,上面有一组不同的数据.

现在我有下面的代码,但只要它到达geom_path,它就会覆盖等高线图.有没有办法防止这种情况发生？

v <- ggplot(pts, aes(theta_1, theta_2, z = z))
v + stat_contour(aes(colour = ..level..),bins=50) + xlab(expression(Theta[1])) + ylab(expression(Theta[2]))
v+geom_path(aes(x=x,y=y,z=z), data=some.mat)

我有一些C++代码调用HDF5 C API来写出固定长度的字符串.由于某种原因,结果是总垃圾.以下是h5dump的示例:

DATASET "simple" {
   DATATYPE  H5T_STRING {
      STRSIZE 10;
      STRPAD H5T_STR_NULLTERM;
      CSET H5T_CSET_ASCII;
      CTYPE H5T_C_S1;
   }
   DATASPACE  SIMPLE { ( 100 ) / ( 100 ) }
   DATA {
   (0): "\001\026", "", "\37777777635\177", "", "y\026", "",
   (6): "\37777777635\177", "", "\37777777761\026", "",
   (10): "\37777777635\177", "", "i\027", "", "\37777777635\177", "",
   (16): "\37777777741\027", "", "\37777777635\177", "", "Y\030", "",
   (22): "\37777777635\177", "", "\37777777721\030", "",
   (26): "\37777777635\177", "", "I\031", "", "\37777777635\177", "",
   (32): "\37777777701\031", "", "\37777777635\177", "", "9\032", "",

但是,如果我将大小更改为H5Tset_size (datatype_id, H5T_VARIABLE); …

有没有一种方法可以防止snakemake为尚不存在的输出建立目录？

fimo 如果该目录已经存在，则MEME套件中的Adaptive Server在运行结束时会令人讨厌地失败。

我的解决方法是给fimo输出的目录与我在其中指定的目录不同，output但我想知道是否有更直接/更优雅的解决方案。

给出的例子：

    rule generate_scan:
        output:
            PROJECT_BASE + '/results/fimo_scan/fimo.txt'
        params:
            genome = '/home/hjp/ImmuneProject/hg19_reference/hg19.fa',
            motif_database = PROJECT_BASE + '/motif_databases/HUMAN/HOCOMOCOv10_HUMAN_mono_meme_format.meme',
            tmp = 'results/tmp_fimo'
        shell:
            '/home/hjp/meme/bin/fimo'
            ' -o {params.tmp}'
            ' --motif GATA2_HUMAN.H10MO.A'
            ' {params.motif_database}'
            ' {params.genome}'
            ' && '
            'mv {params.tmp}/* {PROJECT_BASE}/results/fimo_scan/'
            ' && '
            'rm -rf {params.tmp}'

提前致谢！