小编Ali*_*ery的帖子

我是编程和生物信息学的初学者.所以,我很感激你的理解.我尝试使用Gibbs采样开发一个用于motif搜索的python脚本,如Coursera类"在DNA中查找隐藏的消息"中所述.课程中提供的伪代码为:

GIBBSSAMPLER(Dna, k, t, N)
    randomly select k-mers Motifs = (Motif1, …, Motift) in each string
        from Dna
    BestMotifs ? Motifs
    for j ? 1 to N
        i ? Random(t)
        Profile ? profile matrix constructed from all strings in Motifs
                   except for Motifi
        Motifi ? Profile-randomly generated k-mer in the i-th sequence
        if Score(Motifs) < Score(BestMotifs)
            BestMotifs ? Motifs
    return BestMotifs

问题描述:

代码挑战:实施GIBBSSAMPLER.

输入:整数k,t和N,后跟Dna的字符串集合.输出:由20个随机启动运行GIBBSSAMPLER(Dna,k,t,N)产生的字符串BestMotifs.记得使用伪版!

样本输入:

 8 5 100
 CGCCCCTCTCGGGGGTGTTCAGTAACCGGCCA
 GGGCGAGGTATGTGTAAGTGCCAAGGTGCCAG
 TAGTACCGAGACCGAAAGAAGTATACAGGCGT
 TAGATCAAGTTTCAGGTGCACGTCGGTGAACC
 AATCCACCAGCTCCACGTGCAATGTTGGCCTA

样本输出:

 TCTCGGGG
 CCAAGGTG
 TACAGGCG …