小编Syl*_*ain的帖子

我想读取一个 4 行 4 行的文件（它是一个带有 DNA 序列的 fastq 文件）。
当我一行一行或一行一行地读取文件时，没有问题，但是当我一次读取 3 或 4 行时，我的代码崩溃了（内核似乎在 jupyter notebook 上死了）。（取消注释最后一部分，或 4 中的任何 3 部分getline()。
我尝试使用 char (char**) 的双数组来存储行，但存在相同的问题。

知道是什么原因吗？

使用 Python 3.7.3、Cython 0.29，更新了所有其他库。正在读取的文件大约为 1.3GB，机器有 8GB，ubuntu 16.04。代码改编自https://gist.github.com/pydemo/0b85bd5d1c017f6873422e02aeb9618a

%%cython
from libc.stdio cimport FILE, fopen, fclose, getline
    
def fastq_reader(early_stop=10):
    cdef const char* fname = b'/path/to/file'
    cdef FILE* cfile
    cfile = fopen(fname, "rb")

    cdef:
        char * line_0 = NULL
        char * line_1 = NULL
        char * line_2 = NULL
        char * line_3 …