我试图在ruffus管道中使用Sailfish,它将多个fastq文件作为参数.我在python中使用子进程模块执行Sailfish,但是<()在子进程中调用即使在我设置时也不起作用shell=True.
这是我想用python执行的命令:
sailfish quant [options] -1 <(cat sample1a.fastq sample1b.fastq) -2 <(cat sample2a.fastq sample2b.fastq) -o [output_file]
或(最好):
sailfish quant [options] -1 <(gunzip sample1a.fastq.gz sample1b.fastq.gz) -2 <(gunzip sample2a.fastq.gz sample2b.fastq.gz) -o [output_file]
概括:
someprogram <(someprocess) <(someprocess)
我将如何在python中执行此操作？子流程是正确的方法吗？