小编Kry*_*ryo的帖子

如何找到重叠坐标并提取重叠区域的各个seg.mean值？

data1
      Rl       pValue     chr  start    end     CNA
      2        2.594433   6 129740000 129780000 gain
      2        3.941399   6 130080000 130380000 gain
      1        1.992114  10  80900000  81100000 gain
      1        7.175750  16  44780000  44920000 gain

DATA2

ID     chrom   loc.start   loc.end   num.mark  seg.mean
8410     6     129750000  129760000      8430   0.0039
8410     10    80907000   81000000        5   -1.7738
8410     16    44790000   44910000       12    0.0110

DataOutput中

  Rl       pValue     chr  start    end        CNA    seg.mean
  2        2.594433   6 129750000   129760000  gain   0.0039
  1        1.992114  10  80907000   81000000   gain   -1.7738  
  1 …

我正在尝试在我们的集群中安装 R（集群的操作系统是 Red Hat Enterprise Linux 6），我没有 root 访问权限。我试过：

$wget http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz
$ tar xvf R-3.1.1.tar.gz
$ cd R-3.1.1
$ ./configure --prefix=/home/Kryo/R-3.1.1

但得到错误：

配置：错误：--with-x=yes（默认）和 X11 头文件/库不可用

我该如何拆分这个

 Chr3:153922357-153944632(-)
 Chr11:70010183-70015411(-)   

进入

    Chr3  153922357 153944632 - 
    Chr11 70010183  70015411  -   

我试过了strsplit(df$V1,"[[:punct:]]"))，但最终结果中没有出现负号

如何通过基因名称比较两个数据集df1和df2,并从df2中提取每个基因名称的相应值并将其插入到df1中

df1 <-

Genes    sample.ID  chrom   loc.start   loc.end num.mark
Klri2     LO.WGS      1   3010000 173490000     8430
Rrs1      LO.WGS      1   3010000 173490000     8430
Serpin    LO.WGS      1   3010000 173490000     8430
Myoc      LO.WGS          1   3010000 173490000     8430
St18      LO.WGS          1   3010000 173490000     8430


df2 <-

    RL  pValue.   chr   start            end    CNA     Genes
    2   2.594433   1    129740006   129780779   gain    Klri2   
    2   3.941399   1    130080653   130380997   gain    Serpin,St18,Myoc

df3<-

Genes   sample.ID  chrom  loc.start  loc.end num.mark   RL  pValue      CNA
Klri2    LO.WGS     1   3010000   173490000     8430    2   2.594433 …