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R:pi [[j]]中的错误:下标超出范围-数据框列表上的rbind

我正在尝试rbind一个大型数据帧列表(outputDfList),该列表是通过将一个复杂的函数应用到大型表而生成的。您可以通过以下方式重新创建outputDfList:

df1=data.frame("randomseq_chr15q22.1_translocationOrInsertion", "chr15", "63126742")
names(df1)=NULL
df2=df1=data.frame("chr18q12.1_chr18q21.33_large_insertion", "chr18 ", "63126741")
names(df2)=NULL
outputDfList=list(df1,df2)
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我的代码是

do.call(rbind, outputDfList)
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我收到的错误消息:

Error in pi[[j]] : subscript out of bounds
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我仔细检查了每个数据框的列号,它们都相同。我还尝试使用“ options(error = recover)”进行调试,但是我对它的熟悉程度不足以解决确切的问题。任何帮助表示赞赏。谢谢。

r list dataframe rbind do.call

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使用Python在字符串中的字符前提取数字

我试图在一系列字符串中提取字符"M"之前的数字.字符串可能如下所示:

"107S33M15H"
"33M100S"
"12M100H33M"
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所以基本上会有一组由不同字符分隔的数字,而"M"可能会出现不止一次.对于此处的示例,我希望我的代码返回:

33
33
12,33 #doesn't matter what deliminator to use here
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我能想到的一种方法是将字符串拆分为"M",并查找纯数字的项目,但我怀疑有更好的方法可以做到这一点.非常感谢您的帮助.

python regex string

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计算 shell 变量中的项目数

我有一个 shell 变量 sampleDir:

sampleDir=/home/sample*
echo $sampleDir
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会给:

/home/sample_001 /home/sample_002 /home/sample_003
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(注意sample_***下有子目录)

如果我想计算 $sampleDir 变量中有多少这些项目,请问最好的方法是什么?(预计返回3)

shell

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无法使用Anaconda安装PyX

我在安装python模块PyX时遇到问题,使用pip时收到以下错误:

$ pip install PyX
Collecting PyX
  Could not find a version that satisfies the requirement PyX (from versions: )
  Some externally hosted files were ignored as access to them may be unreliable (use --allow-external PyX to allow).
No matching distribution found for PyX
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然后我尝试了conda安装,但它找不到它.我也搜索过,一无所获.然后我尝试了pip allow external - 对Cygwin或cmd都不起作用:

$ pip install --allow-external pyx pyx
Collecting pyx
  Downloading https://downloads.sourceforge.net/project/pyx/pyx/0.14/PyX 0.14.tar.gz (2.5MB)
No files/directories in c:\cygwin\tmp\pip-build-vqqlqz\pyx\pip-egg-info (from PKG-INFO)
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我以前从未见过这样的错误.这里的任何人都有一些建议(安装在Anaconda首选)?非常感谢你提前.

python anaconda pyx

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在 Python 中处理函数的多个返回

我在 Python 中编写了一个具有四个返回值的函数 (testFunction):

diff1, diff2, sameCount, vennPlot
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其中前 3 个值(在输出元组中)用于在函数内部绘制“vennPlot”。

有人问了一个类似的问题:如何绘制在 Python 中返回多个值的函数的输出?,但就我而言,我还想知道另外两件事:

  1. 我以后可能会使用这个函数,似乎我需要记住返回的顺序,以便我可以为下游工作提取正确的返回。我在这里正确吗?如果是这样,是否有比 output[1] 或 output[2] 更好的方法来引用元组返回?(输出=testFunction(...))

  2. 一般来说,一个函数有多个输出是否合适?(例如,在我的情况下,我可以只返回前三个值并在函数之外绘制维恩图。)

python

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python ×3

anaconda ×1

dataframe ×1

do.call ×1

list ×1

pyx ×1

r ×1

rbind ×1

regex ×1

shell ×1

string ×1