我正在尝试像这里提供的那样使用HTML scraper .它适用于他们提供的示例.但是,当我尝试在我的网页上使用它时,我收到此错误 - Unicode strings with encoding declaration are not supported. Please use bytes input or XML fragments without declaration.
我尝试使用Google搜索但无法找到解决方案.我真的很感激任何帮助.我想知道是否有办法使用Python将其复制为HTML.
编辑:
from lxml import html
import requests
page = requests.get('http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/gene/analysis?ln=PTEN&ln1=PTEN&start=130&end=140&coords=bp%3AAA&sn=&ss=&hn=&sh=&id=15#')
tree = html.fromstring(page.text)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
谢谢.
我有一个DNA序列,并希望使用Python获得它的反向补码.它位于CSV文件的其中一列中,我想将反向补码写入同一文件中的另一列.棘手的部分是,有一些单元格不同于A,T,G和C.我能够通过这段代码得到反向补码:
def complement(seq):
complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'}
bases = list(seq)
bases = [complement[base] for base in bases]
return ''.join(bases)
def reverse_complement(s):
return complement(s[::-1])
print "Reverse Complement:"
print(reverse_complement("TCGGGCCC"))
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
但是,当我试图找到补码词典中没有的项目时,使用下面的代码,我只得到最后一个基础的补充.它不会迭代.我想知道如何解决它.
def complement(seq):
complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'}
bases = list(seq)
for element in bases:
if element not in complement:
print element
letters = [complement[base] for base in element]
return ''.join(letters)
def reverse_complement(seq):
return complement(seq[::-1])
print "Reverse Complement:"
print(reverse_complement("TCGGGCCCCX"))
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud) 我想使用Python从inspect元素获取数据。我可以使用BeautifulSoup下载源代码,但是现在我需要来自网页检查元素的文本。如果您能建议我该怎么做,我将不胜感激。
编辑:通过检查元素,我的意思是,在Google Chrome中,右键单击会为我们提供一个名为“检查元素”的选项,该选项具有与该特定页面的每个元素相关的代码。我想提取该代码/仅提取其文本字符串。
python ×3
html ×2
biopython ×1
dna-sequence ×1
extract ×1
list ×1
lxml ×1
unicode ×1
web-scraping ×1