小编ant*_*sor的帖子

我的数据集由 4 列组成，如下所示：

左边两列代表地理结构的坐标XY，左边两列代表“每个”地理单元的大小（南北直径和东西直径）

我想以图形方式表示一个散点图，在其中绘制所有坐标并在每个点上绘制一个椭圆，包括每个地理单位的直径。

手动且仅使用两个点，图像应如下所示：

我该如何使用 ggplot2 来做到这一点？

您可以在这里下载数据

这是我的数据集示例:

df <- data.frame(group = rep(c("group1","group2","group3", "group4", "group5", "group6"), each=3),
                 X = paste(letters[1:18]),
                 Y = c(1:18))

如您所见,有三个变量,其中两个是分类的(group和X).我使用ggplot2构建了一个折线图,其中X轴是X,Y轴是Y.

我想使用group变量对背景进行着色,因此必须出现6种不同的颜色.

我试过这段代码:

ggplot(df, aes(x = X, y = Y)) +
  geom_rect(xmin = 0, xmax = 3, ymin = -0.5, ymax = Inf,
            fill = 'blue', alpha = 0.05) +
  geom_point(size = 2.5)

但是,geom_rect()只有在着色区域之间0和3,在X轴.

我想我可以通过复制geom_rect()我所拥有的那么多次来手动完成.但我确信必须有一个更漂亮的代码使用变量本身.任何的想法？

让我们从一些数据开始，使示例可重现：

x <- structure(list(DC1 = c(5, 5, NA, 5, 4, 6, 5, NA, 4, 6, 6, 6, 
5, NA, 5, 5, 7), DC2 = c(4, 7, 4, 5, NA, 4, 6, 4, 4, 5, 5, 5, 
5, NA, 6, 5, 5), DC3 = c(4, 7, 4, 4, NA, 4, 5, 4, 5, 4, 5, 5, 
6, 4, 6, 6, 5), DC4 = c(4, 7, 5, NA, NA, 4, 6, 5, 5, 4, 3, 4, 
6, 5, 5, 6, 3), DC5 …

我一直在努力解决如何将 2 个或更多 pheatmaps（热图）组合到最终图中，但没有成功。

data1 <- structure(list(DC1 = c(NA, NA, 1.98), DC2 = c(NA, NA, 0.14), 
    DC3 = c(1.85, 1.51, 0.52), DC4 = c(0.89, 0.7, 1.47), DC5 = c(0, 
    0.78, 0), DC6 = c(0, 1.3, 0), DC7 = c(0, 1.47, 0), DC8 = c(0, 
    1.2, 0), DC9 = c(0, 0, 0), DC10 = c(0.51, 1.9, 0)), .Names = c("DC1", 
    "DC2", "DC3", "DC4", "DC5", "DC6", "DC7", "DC8", "DC9", "DC10"), 
    enter code here`class = "data.frame", row.names = c("A", "B",  "C"))

data 2 …

我即将完成博士学位，我需要在 R Markdown 文本中间的某个位置嵌入一些论文（pdf 格式）。

将 R Markdown 转换为 PDF 时，我希望将这些 PDF 论文嵌入到转换中。

但是，我希望这些 PDF 论文也根据 Markdown 文本的其余部分进行编号。

我该怎么做？

更新：新错误

通过使用\\includepdf，我收到此错误：

output file: Tesis_doctoral_-_TEXTO.knit.md\n\n! Undefined control sequence.\nl.695 \\includepdf\n                 [pages=1-10, angle=90, pagecommand={}]{PDF/Paper1.pdf} \nHere is how much of TeX\'s memory you used:\n 12157 strings out of 495028\n 174654 string characters out of 6181498\n 273892 words of memory out of 5000000\n 15100 multiletter control sequences out of 15000+600000\n 40930 words of font info for …

我在更改 RMarkdown 的 pdf 输出中内联引用的颜色时遇到麻烦。让我们从 YAML 开始：

---\ntitle: MY TITLE\nauthor: "Mario Modesto-Mata"\ndate: "20 September 2018"\noutput:\n  pdf_document:\n    highlight: espresso\n    number_sections: yes\n    toc: yes\n    toc_depth: 4\nbibliography: references.bib\ncsl: ajpa.csl\n---\n

正如您所看到的，我指定了参考书目 ( references.bib) 和引文样式 ( ajpa.csl)。我必须说它效果非常好。

然而，我正在写一篇很长的手稿，我希望内嵌引文是彩色的，以便读者区分什么是文本和什么是引文。

换色前

这是我的示例，您可以在其中看到内联引用。

\n

Cada diente se forma en un momento concreto bajo una fuerte regulaci\xc3\xb3n\n gen\xc3\xa9tica。为此，请提供一个完整的固定托盘，以进行切割、脱砂、成型\xc3\xb3n 和启动瞬间\xc3\xb3n，然后相对独立地恢复牙科牙医。由于\n的动机，CADA特别是牙科的设计\n特别是定义在功能\XC3\XB3N中的托盘\n的混凝土结构\n CADA DENTE O CLASE DE DENTES\n [@BermudezdeCastrochicoGranDolina2002 ;\n @SmithDentaldevelopmentevolution1991;\n @SmithDentaldevelopmentmeasure1989;\n @SmithPatternsdentaldevelopment1994]。牙科治疗具有可遗传性和相对抵抗性，与营养不良的过程有关，并且存在变异性，存在变异性，在帕特里克·xc3\xb3n 中存在，与营养不良相关的治疗有关。 xa1metros de maduraci\xc3\xb3n esquel\xc3\xa9ticos\n [@Lewisrelationshiptoothformation1960]。

\n

当我使用 RMarkdown 将其转换为 …

从 bookdown 创建 PDF 时，我希望它是“Módulo X”（西班牙语），而不是第 X 章。

所以我想知道如何使用 bookdown 更改章节名称。

我的 YAML 是：

--- 
title: "TITLE"
author: "Mario Modesto-Mata"
date: "`r Sys.Date()`"
output: pdf_document
description: This is a minimal example of using the bookdown package to write a book.
  The output format for this example is bookdown::gitbook.
documentclass: book
link-citations: yes
bibliography: book.bib
site: bookdown::bookdown_site
language:
  label:
    chapter_name: "Módulo"
---

我尝试了最后三行代码，但没有成功。任何的想法？

当我运行此代码时：

ggplot() + 
  stat_density2d(data = Unit_J, aes(x=X, y=Y, fill=..level.., alpha=0.9), lwd= 0.05, bins=50, col="blue", geom="polygon") +
  scale_fill_continuous(low="blue",high="darkblue") +
  scale_alpha(range=c(0, 0.03), guide="none") + 
  xlim(-6600,-3800) + ylim(400,2500) + 
  coord_fixed(expand=FALSE) + 
  geom_point(data = Unit_J, aes(x=X, y=Y), alpha=0.5, cex=0.4, col="darkblue") + 
  theme_bw() + 
  theme(legend.position="none")

我得到这个情节：

我知道在这种情况下增加X lims可以解决左右两边显示的不闭合线条的问题。

但是，我想保持这些限制不变，以使这些“错误”不会出现，并且它们必须超出限制，以某种方式隐藏而不造成那些可怕的界限。

有没有可能？

编辑（在此处下载数据）：

为了简化和重现示例，您可以在此处下载数据

我想在我的 PDF 输出中旋转一个宽表。我遇到了这个奇妙的问题，但我的桌子更长了。

当我复制/粘贴该问题中显示的示例之一时，使用 RMarkdown 效果很好。

library(kableExtra)

kable(iris[1:5,],
      format = "latex", booktabs = TRUE) %>%
  kableExtra::landscape()

但是，如果我们删除子集，我们会看到表格超出了页面的尺寸。

library(kableExtra)

kable(iris,
      format = "latex", booktabs = TRUE) %>%
  kableExtra::landscape()

所以我的问题很简单：我们如何通过将表格分成几部分来创建所需数量的 PDF 页面？

我有这个 ggplot 图，其ggpubr::stat_compare_means()功能如下：

正如您所看到的，Wilcoxon 测试与左侧条上的一些点重叠。

如何将文本移到右侧？

这是我的数据（示例）：

EXAMPLE<-data.frame(
    X=c(99.6, 98.02, 96.43, 94.44, 92.06, 90.08, 87.3, 84.92, 82.14, 
79.76, 76.98, 74.21, 71.03, 67.86, 65.08, 62.3, 59.92, 56.35, 
52.38, 45.63, 41.67, 35.71, 30.95, 24.6, 17.86, 98.44, 96.48, 
94.14, 92.19, 89.84, 87.5, 84.38, 82.42, 78.52, 76.17, 73.83, 
70.7, 65.63, 62.89, 60.16, 58.2, 54.69, 52.73, 49.61, 46.09, 
42.58, 40.23, 36.72, 32.81),
    Y=c(3.62, 9.78, 15.22, 19.93, 24.64, 30.43, 35.14, 39.49, 44.93, 
49.64, 52.9, 57.97, 62.68, 66.3, 70.29, 73.55, 76.09, 78.62, 
80.8, 82.61, 84.42, 87.32, 91.67, 96.01, 99.28, 3.85, 8.55, 11.97, 
17.52, …

假设我们在开头有两个对象:

a <- c(2,4,6)
b <- 8

如果我们在每个中应用mean()函数,我们得到:

> mean(a)
[1] 4
> mean(b)
[1] 8

......这绝对正常.

如果我创建一个合并a和b的新对象...

c <- c(2,4,6,8)

并计算其平均值......

> mean(c)
[1] 5

...我们得到5,这是预期值.

但是,我想同时计算两个对象的平均值.我试过这种方式:

> mean(a,b)
[1] 4

我们可以看到,它的值与预期的正确值(5)不同.我错过了什么？