我有这个用于过滤差异表达基因的awk脚本.我有一个在R中创建的csv文件
#Command to get DE genes
awk -F '\t' '$14 < 0.05 && $10 < -1 && $7 > 1 { print > "Genes-Down.csv" }
$14 < 0.05 && $10 > +1 && $8 > 1 { print > "Genes-Up.csv" }' Results-RPKMs.csv
我现在开始在Mac OS上进行所有分析,同样的命令不起作用.它也不会给出任何错误消息.它运行,没有任何反应.我也遇到了与其他sed命令相同的问题,但使用awk很容易创建新的命令.谢谢.
更新:MacOS X awk是版本20070501.但是,Ubuntu机器有1.3.3的mawk.命令awk --version不起作用.不得不使用awk -W --version.所以我认为这就是为什么它适用于Ubuntu但不适用于MacOSX.所以我下载了mawk并使用fink安装它,现在命令在MacOSX中运行.谢谢你的帮助.
Update2:实际上问题不是awk.通常我在R中创建csv文件.然后我只运行脚本来进行过滤.事实证明,如果我在Excel中打开csv文件或以csv格式保存Excel文件,则脚本不起作用(尝试使用不同的分隔符多次).显然,如果您在MacOX(Excel 2011)中将电子表格保存为.csv并尝试在Excel中将其打开,则表示它是一个SYLK文件.Microsoft网站上有此描述.如果我使用OpenOffice,它可以正常工作.最好.
我正在尝试保存具有女性（\ u2640）和男性（\ u2642）符号的地块。这是一个使用此符号创建绘图的示例（我正在使用RStudio）：
gender <- rbinom(n=100, size=100, prob=0.5)
plot(gender, cex=2.5,
pch=ifelse(gender %% 2 == 0, -0x2642L, -0x2640L),
col=ifelse(gender %% 2 == 0, 2, 3), main="\u2640 and \u2642 Symbols")
它可以工作并生成带有那些符号Plot的图。我可以将其保存为图片（PNG），但是当我尝试将其保存为pdf时，所有符号都不会显示Plot。
这是我尝试将其另存为pdf的方法：
pdf("plot.pdf")
gender <- rbinom(n=100, size=100, prob=0.5)
plot(gender, cex=2.5,
pch=ifelse(gender %% 2 == 0, -0x2642L, -0x2640L),
col=ifelse(gender %% 2 == 0, 2, 3), main="\u2640 and \u2642 Symbols")
dev.off()
我在这里看到了另一篇有关类似问题的文章，建议使用CairoPDF。这没用。我尝试了其他家庭设置，但是也没有用。是否有其他解决方法可以将这些符号另存为pdf或将其另存为图片的唯一方法。我希望将其另存为pdf。
在尝试了很多之后，我切换到命令行并使用石英。绘制图形后，我使用：
quartz.save(type = 'pdf', file = 'output.pdf')
它运作完美。为什么不能使用第一个代码pdf（“ plot.pdf”）而是使用quartz.save（type ='pdf'，file ='output.pdf'）起作用？我的系统有问题吗？
谢谢。