小编nou*_*use的帖子

我将工作目录中的所有文本文件读入列表,并剪切了一些列

all.files <- list.files(pattern = ".*.txt")
data.list <- lapply(all.files, function(x)read.table(x, sep="\t"))
names(data.list) <- all.files
data.list <- lapply(data.list, function(x) x[,1:3])

我最终得到了"2的清单"

> str(data.list)
List of 2
 $ 001.txt:'data.frame':    71330 obs. of  3 variables:
  ..$ V1: Factor w/ 71321 levels
  ..$ V2: Factor w/ 1382 levels
  ..$ V3: num [1:71330] 89.1 99.5 98.8 99.4 99.5 ...
 $ 002.txt:'data.frame':    98532 obs. of  3 variables
  ..$ V1: Factor w/ 98517 levels 
  ..$ V2: Factor w/ 1348 levels 
  ..$ V3: num [1:98532] 99.5 99 99.5 …

library(ggplot2)
##
df <- as.data.frame(matrix(rnorm(60*2, mean=3,sd=1), 60, 2))
    colnames(df) <- c("A", "B")
    cf1 <- coef(lm(B~A, data=df))
##    
ggplot(df, aes(A,B)) +
  geom_point() +
  stat_smooth(method = "lm", color="red", fill="red", alpha=0.1, fullrange=TRUE) +
  #xlim(0,6)+
  geom_abline(intercept = cf1[1], slope = cf1[2], lty="dashed", col="green") 

我想将geom_line限制为与stat_smooth相同的范围（似乎由xmax / xmin定义）。xlim参数没有帮助（这是在此处提出的）。在实际应用中，geom_line的斜率和截距将从模型更新中提取，因此它们会略有不同。谢谢。

从一个非常简单的数据框架

    time1 <- as.Date("2010/10/10")
    time2 <- as.Date("2010/10/11")
    time3 <- as.Date("2010/10/12")
    test <- data.frame(Sample=c("A","B", "C"), Date=c(time1, time2, time3))

我如何获得一个具有成对的样本A，样本B，样本C之间的时间间隔（样本之间经过的天数）的矩阵？

   A  B  C
A  0  1  2
B  1  0  1
C  2  1  0

/ edit：更改日期的格式。不便之处，敬请原谅

我有一个数据框列表：

lists <- replicate(10, as.data.frame(matrix(rnorm(100), 10, 10)), simplify = FALSE)
names(lists) <- LETTERS[1:10]

我想将所有数据帧写入一个单独的文件，根据它们在 R 中的对象名称命名。我尝试lapply使用paste，但这非常失败：

lapply(lists, function(x) write.table(x, file=paste(x,".txt"), sep="\t"))
Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")) : 
  invalid 'description' argument
In addition: Warning message:
In if (file == "") file <- stdout() else if (is.character(file)) { :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used
Called from: file(file, ifelse(append, "a", "w"))

如何在不为 n 个 data.frames 编写 n 单行的情况下执行此操作？

我有一个包含 DNA 序列字符串的向量：

x <- c("ATTAGCCGAGC", "TTCCGGTTAA")

我想根据规则将这些字符串转换为总和

A <- 2
T <- 2
G <- 4
C <- 4

这样 ATTAGCCGAGC 就会被翻译为“2+2+2+2+4+4+4+4+2+4+4”，最终输出将是“34”。

期望的输出：由原始向量 X 的一列和“总和变换”的另一列组成的数据帧。

谢谢。

我希望使用“T”不会有问题。

抱歉，我有一个基本问题，但我有一个元素列表，它们是数值向量

str(list1)
    List of 34
     $ 1      : num [1:2037171] 98.3 98.2 98.1 97.4 97.9 98 97.7 98.1 98.4 98 ...
     $ 3      : num [1:692076] 98.8 98.1 97.6 96.6 96.4 96.9 96.1 95.8 96.7 96.5 ...
     $ 2      : num [1:82621] 97.7 97.7 97.4 97.7 98.4 98.1 97.4 98 97.6 98.3 ..
     .
     .
     .

，似乎 list.sort(或 order) 不起作用，因为 list1 不是原子向量。我想按 list1 向量的长度对 list1 进行排序。这怎么可能？很抱歉“滥用”这个网站作为我的个人 R 教程。在谷歌上找不到答案。

我仍在为我的地块的正确标签而苦苦挣扎。我设法让它发挥作用。

df <-data.frame(a=seq(1,20),b=seq(1,20))
ggplot(df, aes(x = a, y = b)) + geom_point() +
  ylab(expression(paste(CH[4]~" formation rate"~"(",mu, mol, day^{-1},")")))

它缺少的是 mumol 和 day^-1 之间的运算符号“*”。它应该看起来像这样： 感谢您的帮助。

从这个数据框

 df <- data.frame(cat=c(rep("X", 20),rep("Y", 20), rep("Z",20)), 
                     value=c(runif(20),runif(20)*100, rep(0, 20)), 
                     var=rep(LETTERS[1:5],12))

我想创建多面箱线图。

library(ggplot2)

p1 <- ggplot(df, aes(var,value)) + geom_boxplot() + facet_wrap(~cat, scale="free") 
p1

结果在美观上并不令人满意，因为它将空面板的 y 轴中心为零。我想将所有 y 尺度从零开始。我从之前的问题中尝试了几个答案：

p1 + scale_y_continuous(expand = c(0, 0)) # not working
p1 + expand_limits(y = 0) #not working
p1 + scale_y_continuous(limits=c(0,NA)) ## not working
p1 + scale_y_continuous(limits=c(0,100)) ## partially working, but defeats scale="free"
p1 + scale_y_continuous(limits=c(0,max(df$value))) ## partially working, see above
p1 + scale_y_continuous(limits=c(0,max(df$value))) + expand_limits(y = 0)## partially working, see above …

当运行 4.0 之前的代码时，我收到此消息（德语）。

  Warnung: Namensraum \xe2\x80\x98gamlss.dist\xe2\x80\x99 ist nicht verf\xc3\xbcgar und ist durch.GlobalEnv ersetzt worden w\xc3\xa4hrend Objekt \xe2\x80\x98mod_gam\xe2\x80\x99 verarbeitet wurde\n

翻译：

"Warning: Namespace "gamlss.dist" is not available and is replaced by .GlobalEnv, while object "mod_gam" was processed."\n

我重新安装了gamboostlss、gamboost和mboost，但这个警告仍然存在。我怎样才能摆脱它，我可以相信计算结果吗？

在这个数据集中，两个分类群（在行中）对整体数据的贡献很小，我想收集所有这些行，其行和小于整个数据集的 n%。n 可以是 1、2、3...

df <- data.frame(A=c(1000,100,1,0), B=c(100,1000,1,1), C=c(10,900,0,1))
row.names(df) <- c("Tax1", "Tax2", "Tax3", "Tax4") 


> df
      A    B    C
Tax1 1000  100  10
Tax2  100 1000 900
Tax3    1    1   0
Tax4    0    1   1

在确定这些低总和行后，我想将它们归类为“其他”：

> df
      A    B   C
Tax1 1000  100  10
Tax2  100 1000 900
Other 1   2    1

谢谢！