小编Abh*_*bhi的帖子

我正在开发一个相当复杂的ShinyApp来处理数据,并且想知道什么是分解代码的好策略.理想情况下,为每个选项卡等单独的脚本,然后在ui.R和server.R中将它们粘合在一起.任何做过类似事情并且可以分享经验和/或代码的人都会有很大的帮助.

例如,我应该如何分解不同tabPanel的代码

shinyUI( navbarPage("Synodos Data Explorer", id="nav",

  tabPanel("Public Data",
           titlePanel("Explore Public Datasets"),
           source("code1.R")
  ),

  tabPanel("Kinome Screens",
           titlePanel("Exploring Kinome Screening Data"),
           source("code2.R")

  )

) #END navbar
) #END ShinyUI

以DNA串为例AGC.我试图生成所有可能的uniq字符串,允许在给定字符串中达到#n(用户定义的数字)不匹配.

我可以通过以下方式解决一个不匹配问题,但无法实现递归解决方案以根据#n不匹配,DNA字符串和变异集(AGCTN)生成所有可能的组合

temp_dict = {}
sequence = 'AGC'

    for x in xrange(len(sequence)):
        prefix = sequence[:x]
        suffix = sequence[x+1:]
        temp_dict.update([ (prefix+base+suffix,1) for base in 'ACGTN'])
    print temp_dict

一个例子:

对于给定的样本字符串:ACG,以下是允许最多一个不匹配的13个uniq序列

{'ACC': 1, 'ATG': 1, 'AAG': 1, 'ANG': 1, 'ACG': 1, 'GCG': 1, 'AGG': 1, 
'ACA': 1, 'ACN': 1, 'ACT': 1, 'TCG': 1, 'CCG': 1, 'NCG': 1}

我想概括这一点,以便程序可以采用100个字符长的DNA字符串并返回uniq字符串的列表/字典,允许用户定义#mismatches

谢谢!-Abhi

我在PERL中寻找一个类似于mapreduce的通用进程,其中给定一个perl中的输入文件,我可以有#N(用户指定的数字)不同的文件句柄,从文件的不同部分读取.

换句话说,我不想通过一个句柄读取文件,而是希望同时从#N个不同的块读取它.为此,我理想地不希望首先将文件分成#N不同的子文件.如果可以通过非干扰文件句柄从不同位置读取单个文件并且没有任何数据泄漏,那将是很好的.

下游的目标是在每个文件句柄读取的数据上运行#N映射器,然后一切都完成后,我使用类似于reducer的东西来合并每个映射器的输出.

如果这是有道理的,请告诉我.在我的脑海中利用我们对现有的每个代码库进行一些更改的多核机器只是一件简单的事情.可能是类似的东西已经在那里.

我很感激你的意见.

谢谢!-Abhi

想知道你是否知道有一种灵巧的方式从shell获得完整的用户名？

例如:如果我的unix用户名是froyo,那么我想在我的系统中注册我的全名[froyo === Abhishek Pratap]

finger命令可以同时为所有登录用户执行此操作..因此需要进行一些解析才能获得正确的值.有什么东西吗？

来自python内部的任何东西都会很棒.

谢谢!-Abhi