小编Cin*_*ina的帖子

我正在进行大规模的机器学习,但是由于R内存占用,我的计算速度变慢了.
我清除了我的对象,我也尝试gc()了结果:

           used  (Mb) gc trigger   (Mb)  max used   (Mb)
Ncells  4460452 231.5   15288838 1116.6  36599071 1954.7
Vcells 29572776 349.4  324509788 2712.9 350796378 3376.4

我的任务管理器显示R会话仍然分配超过3GB的内存,我的电脑仍然很慢.
如何释放R占用的内存？(我不想重启电脑)

我有一个字符串列表(DNA序列),包括A,T,C,G.我想找到所有匹配并插入到表中,其列是这些DNA字母表的所有可能组合(4 ^ k;"k"是每个匹配的长度 - K-mer - 并且必须由用户指定)并且行表示数字在列表中按顺序匹配.

让我们说我的名单包括5名成员:

DNAlst<-list("CAAACTGATTTT","GATGAAAGTAAAATACCG","ATTATGC","TGGA","CGCGCATCAA")

我想要套装k=2(2-mer),所以4^2=16组合可用,包括AA,AT,AC,AG,TA,TT,...

所以我的桌子会有5 rows和16 columns.我想计算我的k-mers和列表成员之间的匹配数量.

我想要的结果: df:

lstMemb AA AT AC AG TA TT TC ...
  1     2  1  1  0  0  3  0
  2       ...
  3
  4
  5

你能帮我在R中实现吗？

我有如下 df

df
ID   type  other-col
1    A1      cc
1    A2      dd
1    A3      cc
2    A1      cc
2    B1      aa
3    A2      aa

我想在“ID”随着“type”和“other-col”列的 F 值变化时添加新内容

new_df
ID
  df
    ID   type  other-col
    1    A1      cc
    1    A2      dd
    1    A3      cc
    1    F       F     <- this row added
    2    A1      cc
    2    B1      aa
    2    F       F      <- this row added
    3    A2      aa

我怎样才能在R中做到这一点？谢谢

我有一个包含三列的数据集。该列user有两个操作，包括action1和action2。action2仅当action1列有A数据时才包含信息。我想将P数据action1与action2. 例如，如果action2has ac，而下一行有Pin action1，我想P变成Pac，并且会继续（全部P变成Pac）直到action2变化。请注意，此过程应针对每个user.

df<-read.table(text="
user   action1    action2 
1        A          a
1        B          NA
1        P          NA
1        P          NA
1        A          ac
1        P          NA
2        B          NA
2        P          NA
2        A          aa
2        P          NA
2        AB         aa",header=T)

result: (I highlighted …

我尝试了这篇文章中的所有解决方案：

Javascript 错误：JupyterLab 中未定义 IPython

然而，在 jupyterLab 3.3.2 中收到相同的错误（但它在 VScode 中正常工作）。任何人将不胜感激。

我想知道是否可以通过ggplot绘制树？让我们说：

library(rpart
library(rpart.plot)

data(iris)
mod <- rpart(Species~., data=iris)
prp(mod)

我可以在 ggplot 中绘制类似的图形吗？

我想创建一个迭代，它采用一个列表（这是另一个数据帧的列）并将其作为列添加到当前数据帧中。但列的长度不相等。所以，我想生成 NA 作为不匹配的行。

seq_actions=as.data.frame(x = NA)
for(i in 1:20){
  temp_seq=another_df$c1[some conditions]  
  seq_actions=cbind(temp_seq,seq_actions)
}

为了简化，假设我有

df
1  3
3  4
2  2

将 5,6 的列表添加为 df 的新列，所以我想要：

 df
    1  3  5
    3  4  6
    2  2  NA

另一个添加列表是 7 7 7 8，所以我的 df 将是：

df
   1  3  5  7
   3  4  6  7
   2  2  NA 7
   NA NA NA 8

我该怎么做？

我有数据来自

df
1 a c  NA NA
2 a a  a  NA
3 c NA NA NA

首先,我想找到哪一行具有最高NA值.我也有兴趣找到条件超过2个NA值的行.
我怎么能在R？

我有两个表，每个表都包括数字范围。一个表是另一表的细分。我想在第一个表中创建二进制列，以显示它们重叠的范围。

例如：

df1:
start1   end1
 1       6
 6       8
 9       12
 13      15
 15      19
 19      20

df2:
start2   end2
 2        4
 9        11
 14       18

结果：结果是带有列的第一个表，该列显示是否存在重叠。

  start1   end1   overlap
     1       6       1
     6       8       0
     9       12      1
     13      15      1
     15      19      1
     19      20      0

谢谢。

我正在使用写入文本文件 cat

mytime <- structure(
  1465667039, 
  class = c("POSIXct", "POSIXt"), 
  tzone = "UTC"
)
sink("text.txt")
cat(mytime)
sink()

输出为1465667039。我想要格式("%Y-%m-%dT%H:%M:%S", tz = "UTC")和输出应该看起来像2016-06-11 17:43:59