我有一个data.frame如下:
>data
ID Orginal Modified
Sam_1 M K
Sam_1 K M
Sam_1 I J
Sam_1 M K
Sam_1 K M
Sam_2 K M
Sam_2 M K
Sam_3 J P
Sam_4 K M
Sam_4 M K
Sam_4 P J
我想计算每个样本数量的时间M列中的"原始"在"修改"列中转换为K而"K"在"修改"列中将"原始"列转换为"M"并在制表符分隔文本中报告文件如下:
>newdata
ID M_to_K_counts K_to_M_counts
Sam_1 2 2
Sam_2 1 1
Sam_3 0 0
Sam_4 1 1
我尝试了以下代码,但失败了:
counts=function()
{
for(i in 1:dim(rnaseqmut)[1])
{
mk_counts=0
km_counts=0
if(data$Original[i]=='M' & data$Modified[i]== 'K')
{
mk_counts=mk_counts+1
}
if(data$Original[i]=='K' & data$Modified[i]== 'M')
{
km_counts=km_counts+1
}
}
print(mk_counts) …我有data.frame如下
> df
ID Value
A_001 DEL-1:7:35-8_1
A_002 INS-4l:5_74:d
B_023 0
C_891 2
D_787 8
E_865 DEL-3:65:1s:b
我想替换列中的值以DEL和INS开头的所有值.我的意思是我想获得如下输出
> df
ID Value
A_001
A_002
B_023 0
C_891 2
D_787 8
E_865
我尝试使用以下代码在R中使用gsub来实现这一点,但它没有用
gsub(pattern="(^([DEL|INS]*)",replacement="",df)
任何人都可以指导我如何实现所需的输出.
提前致谢.
我是R的新手.我在R中有一个数据框,如下所示
df <- data.frame(ID=c(rep("A1",10),rep("A2",13),rep("A3",12)),
Values=c(10,2,4,23,10,5,20,15,13,21,15,9,19,5,14,25,18,19,31,26,4,21,4,6,7,12,15,18,25,20,16,29,21,19,10))
对于每个ID,我想在每个3个位置的滑动窗口中对"值"列中的计数求和.以下数据框是一个摘录,df其中仅包含对应于A1以下内容的记录:
ID Values
A1 10
A1 2
A1 4
A1 23
A1 10
A1 5
A1 20
A1 15
A1 13
A1 21
我想在时间和总和中输入3个条目,然后转到接下来的3个条目.当滑动窗口不能容纳3个条目时,我跳过这些值.
例如,Window_1从第一个值(10)window_2开始,从第二个值(2)开始,window_3从第三个值(4)开始.
window_1 = [10+2+4] + [23+10+5] + [20+15+13] = 102
window_2 = [2+4+23] + [10+5+20] + [15+13+21] = 113
window_3 = [4+23+10] + [5+20+15] = 77
并在以下数据框中报告:
ID Window_1 Window_2 Window_3
A1 102 113 77
同样,我想Values …
我有sample.txt如下文本文件
ID=Sam-S-PA.path1;Name=Sam-S-PA 23 Hz42
ID=GlcAT-S-PA.path1;Name=GlcAT-S-PA 45 iu7s
ID=TfIIA-S-PA.path1;Name=TfIIA-S-PA 76 5ghz
ID=S-PA.path1;Name=S-PA 69 ivcs
ID=TyrRS-PA.path1;Name=TyrRS-PA 51 Pqas
ID=HisRS-PA.path1;Name=HisRS-PA 32 Majs
我想使用 grep 提取仅包含 S-PA 的行。我尝试了以下命令：
grep -w "S-PA" sample.txt
但它给出的输出包含我不想要的所有条目。我想要以下输出
ID=S-PA.path1;Name=S-PA 69 ivcs
请指导我。提前致谢。