小编jma*_*991的帖子

将值映射到seaborn heatmap中的特定颜色

我正在使用seaborn包在Python中绘制热图.我绘制值是离散的,他们是整数-1,01.

我希望热图中的单元格-1显示绿色,0黄色显示1为红色,红色显示为绿色.

是否可以在cubehelix_palette()colour_palette()函数中指定此裁定?

python heatmap seaborn

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对于2Gb文本文件,搁架字典大小> 100Gb

我正在从基因组FASTA文件创建序列的搁置文件:

# Import necessary libraries
import shelve
from Bio import SeqIO

# Create dictionary of genomic sequences
genome = {}
with open("Mus_musculus.GRCm38.dna.primary_assembly.fa") as handle:
    for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
        genome[str(record.id)] = str(record.seq)

# Shelve genome sequences
myShelve = shelve.open("Mus_musculus.GRCm38.dna.primary_assembly.db")
myShelve.update(genome)
myShelve.close()
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

该文件本身是2.6Gb,但是当我试图搁置它时,正在生成一个> 100Gb的文件,而且我的计算机将抛出一些关于内存不足和启动磁盘已满的投诉.这似乎只发生在我尝试在OSX Yosemite下运行时,在Ubuntu上它按预期工作.有什么建议为什么这不起作用?我正在使用Python 3.4.2

python bioinformatics shelve out-of-memory

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