我试图描绘我正在阿拉伯/波斯湾研究的某些生物的生态分布.以下是我尝试过的代码示例:

背景层

library(ggplot2)
library(ggmap)

nc <- get_map("Persian Gulf", zoom = 6, maptype = 'terrain', language = "English")
ncmap <- ggmap(nc,  extent = "device")

其他层

  ncmap+
    stat_density2d(data=sample.data3, aes(x=long, y=lat, fill=..level.., alpha=..level..),geom="polygon")+
    geom_point(data=sample.data3, aes(x=long, y=lat))+
    geom_point(aes(x =50.626444, y = 26.044472), color="red", size = 4)+
    scale_fill_gradient(low = "green", high = "red") + scale_alpha(range = c(0.00, 0.25), guide = FALSE)

但是,我想用它stat_density2d来显示数百种物种的分布(在列中记录,例如SP1 ...... SPn),而不仅仅是显示纬度和经度.

此外,是否可以将我的热图限制在水体中？我将非常感谢我能得到的任何帮助和建议

我正在试图弄清楚如何在gglot2中显示我的完整地图,包括岛屿.r_base和tmap都能够显示岛屿,但ggplot2无法将岛屿与其他水体区分开来...... .

我的问题是如何让群岛出现在ggplot2中？

请参阅下面使用的代码.

library(ggplot2)
library (rgdal)
library (rgeos)
library(maptools)
library(tmap)

加载波斯湾形状填充称为iho

PG <- readShapePoly("iho.shp")

形状文件可在此处获得

http://geo.vliz.be:80/geoserver/wfs?request=getfeature&service=wfs&version=1.0.0&typename=MarineRegions:iho&outputformat=SHAPE-ZIP&filter=%3CPropertyIsEqualTo%3E%3CPropertyName%3Eid%3C%2FPropertyName%3E%3CLiteral %3E41%3C%2FLiteral%3E%3C%2FPropertyIsEqualTo%3E

用r_base绘图

Q<-plot(PG)

对应于图A.

用tmap绘图

qtm(PG)

对应于图B.

转换为数据帧

AG <- fortify(PG)

用ggplot2绘图

ggplot()+ geom_polygon(data=AG, aes(long, lat, group = group), colour = alpha("darkred", 1/2), size = 0.7, fill = 'skyblue', alpha = .3)

对应于图C.

我正在尝试读取几个".xrdml"类型的文件,并将它们组合成一个带有直观标签的数据框.问题是此文件类型具有大的元数据.

我尝试了以下内容

必需的包

library(rxylib)

我试过的事情

temp = list.files(pattern="*.xrdml")
xyz<-do.call(rbind,sapply(temp, read_xyData,verbose = TRUE,metaData = FALSE))

我最终得到了一个列表,我可以使用例如调用列表中的每个成员 xyz[[2]]

          2Theta    V2
   [1,]  4.006565  3496
   [2,]  4.019695  3417
   [3,]  4.032826  3520
   [4,]  4.045956  3516
   [5,]  4.059086  3480
   [6,]  4.072217  3343
   [7,]  4.085347  3466
   [8,]  4.098477  3552
   [9,]  4.111607  3425
  [10,]  4.124738  3384

如果我尝试使用unlist函数展平列表,那么结果就会变得混乱

我想要做的是读入所有文件并按列组合,每个文件都有第一列共同点,即2Theta.我还想使用每个文件标题的唯一部分来标记V2

我的文件有的标题像"BBHD-FASS_4-70_step01_40s_ LM 11_5 .xrdml".我希望最终能做的是拥有一个类似于下面示例的数据帧

2Theta   LM 6-26  LM 6-27  LM 6-28 LM 4-10 LM 4-11 LM 4-12
4.006565    3576    3535    3677    3576    3535    3677
4.019695    3526    3552    3662    3526    3552 …

我正在使用此代码从文件夹“test_dir”中读取多个 .xls

library(readxl)
files <- list.files(path = "./test_dir", pattern = "*.xls", full.names = T)
tbl <- sapply(files, read_excel, simplify=FALSE, skip=7) %>% 
bind_rows(.id = "id")

每次，只有前 9 个数据集被读入 r ie Book1-Book9，有谁知道原因？在下图中查看我的文件夹的结构 样本数据

我不知道怎么做,因为我是R的新手,代码似乎令人困惑.我在网站上看到了以下代码,并试图将它们应用到我自己的工作中.

#Load the data
df <- read.table(file = "~/Desktop/PPS-data.txt", header = T)

#Create the plot and store
plot <- ggtern(data = df, aes(x = Xyp, y = XO, z = XY)) +
           geom_point(aes(fill = Root),
                          size = 4,
                          shape = 21,
                          color = "black") +
           ggtitle("PPS 3-State Model") +
           labs(fill = "Root States") +
           theme_tern_rgbw() +
           theme(legend.position      = c(0,1),
                 legend.justification = c(0, 1))

他们使用的数据文件不可用,所以我无法查看它是如何安排的.

这是我的数据:

GRAVEL  SAND    MUD
0.95    93.55   5.49
8.06    44.38   47.55
1.76    79.35   18.89
10.11   87.37   2.53 …