我有以下FASTA文件:
>header1
CGCTCTCTCCATCTCTCTACCCTCTCCCTCTCTCTCGGATAGCTAGCTCTTCTTCCTCCT
TCCTCCGTTTGGATCAGACGAGAGGGTATGTAGTGGTGCACCACGAGTTGGTGAAGC
>header2
GGT
>header3
TTATGAT
我想要的输出:
>header1
117
>header2
3
>header3
7
# 3 sequences, total length 127.
这是我的代码:
awk '/^>/ {print; next; } { seqlen = length($0); print seqlen}' file.fa
我用这段代码得到的输出是:
>header1
60
57
>header2
3
>header3
7
我需要一个小修改来处理多个序列行.
我还需要一种方法来获得总序列和总长度.欢迎任何建议......请在bash或awk中.我知道在Perl/BioPerl中很容易做到这一点,实际上,我有一个脚本可以用这些方式来做.
有没有办法/reminder在文本中设置一个链接的slack ？
例子：
/reminder me Hey! Check out the weather in https://www.yr.no/place/Norway/ every weekday
当我尝试在 Slack 上键入此内容时，我收到以下消息：
/提醒我嘿！在https://www.yr.no/place/Norway/每个工作日查看天气不是有效命令。在 Slack 中，所有以“/”字符开头的消息都被解释为命令。
如果您尝试发送消息而不是运行命令，请尝试在“/”前添加一个空格。
在Java 7中,该功能被添加到(通过getSuppressed())获取从try-with-resources语句的隐式finally块中抛出的异常.
似乎还没有一种方法(我知道)做相反的事情 - 当有一个显式的finally块并抛出异常时,屏蔽抛出的异常和try/catch中的异常.
为什么Java不提供通过类似机制获取这些隐藏/丢失异常的功能getSuppressed()？
看起来这个功能的实现与在getSuppressed()链接异常中使用的功能类似,并且所提供的好处非常有用,但它仍然被排除在每个版本之外.
通过类似于的方法调用,程序员可以使用这些屏蔽异常的危险是什么getSuppressed()？
(如果这个功能已经存在,请提前道歉,我只是无能为力.)
我最近安装了byobu终端多路复用器，但发现无法快速通过终端。在Linux中，您可以执行以下操作：Control+Arrows (Left/Right).我想在byobu中找到相同的内容。
我想对其进行配置，以便能够使用Ctrl+Left（Ctrl+Right如果可能的话），而不是其他组合。
任何的想法？
我已经尝试过了：如何使用CTRL +箭头使byobu前向单词和后向单词？ 但是对我不起作用。Ubuntu 13.10
提前致谢。
我有一个像这样的数组:
my @arr = (5, 76, 1000, 21, 47);
这个哈希:
my %hash = (
Meta => [1000],
);
如果散列的任何值与数组的任何元素匹配,我想打印该匹配的键值.为此,我使用以下函数,它的工作原理如下:
my ($match) = grep { "@{$hash{$_}}" ~~ @arr } keys %hash;
当我在数组的散列中有多个元素时会出现问题,例如:
my %hash = (
Meta => [1000, 2],
);
在这种情况下,我还想返回键("Meta"),因为值1000在数组中,但我不明白.
我想存储的awk命令在一个变量(命令,而不是结果).我的目标是稍后在脚本中使用该变量,使用不同的输入.例如:
cmd=$(awk '/something/ {if ...} {...} END {...}')
$cmd $input
我试图用$()(就像在例子中)存储命令,也用backticks...但我无法实现它.
我感谢帮助或任何建议:)
我有这个数据框：
GO.ID Annotated Significant Expected P-value Term Ontology
1 GO:0000049 7 0 0.25 1.0000 tRNA binding MF
2 GO:0000062 4 0 0.14 1.0000 fatty-acyl-CoA binding MF
我有这个清单：
$`GO:0000049`
[1] "Solyc02g090860.2" "Solyc03g119280.2" "Solyc05g056260.2" "Solyc06g048610.2" "Solyc07g008950.2" "Solyc08g015960.2"
[7] "Solyc10g007060.2"
$`GO:0000062`
[1] "Solyc01g099350.2" "Solyc03g082910.2" "Solyc04g078090.2" "Solyc08g075690.2"
有没有办法将列表的元素打印到数据框的新列？两种结构中的顺序相同，我的意思是，GO.ID 列按列表元素排序。我正在寻找类似 paste bash 命令的东西。
我已经尝试lapply将列表导出到文件中。然后write.table使用数据帧，然后paste在 bash 中命令。但我想知道是否有办法在 R 中完成这种工作。
是的，我是 R 世界的新手。
编辑：
这是我想要的输出：
GO.ID Annotated Significant Expected P-value Term Ontology Gene_ID
1 GO:0000049 7 0 0.25 1.0000 tRNA binding …我有以下格式的密钥哈希:
scaffold_902_159
scaffold_2_1980420
scaffold_2_10
scaffold_10_402
我想打印出以下列格式排序的哈希:
scaffold_2_10
scaffold_2_1980420
scaffold_10_402
scaffold_902_159
所以首先我必须以数字方式订购第一个号码,然后参加最后一个号码.我不希望正则表达式搜索"scaffold_",因为这可能会有所不同.我的意思是,我可以使用其他格式的哈希,例如" blablabla_NUMBER_NUMBER,或blablablaNUMBER_NUMBER ".键_NUMBER的最后一部分是唯一永久的部分.
我有这个代码,但只能按数字排序第一个数字:
my @keys = sort {
my ($aa) = $a =~ /(\d+)/;
my ($bb) = $b =~ /(\d+)/;
$aa <=> $bb;
} keys %hash;
foreach my $key (@keys) {
print $key;
}
有什么建议吗？
我正在尝试将默认值设置为某些变量.我知道怎么做但我想使用子程序完成这项任务,我遇到了问题.
我有这三个变量:$t, $insize, $libtype.
这是一个简单的函数,如果它们未定义,则为它们设置默认值:
sub SetUnlessDefined {
my $t = 1 if !( defined $t );
my $insize = 300 if !( defined $insize );
my $libtype = 0 if !( defined $libtype );
return( $t, $insize, $libtype );
}
我执行这样的功能:
( $t, $insize, $libtype ) = SetUnlessDefined( $t, $insize, $libtype );
如果我的所有变量都未定义,则该函数运行正常,但如果我有任何值的值,则它无效.
有人可以建议我一个解决方案？或者是一种检查变量是否已定义以及是否未设置值的正确方法？
提前致谢
我想在perl脚本中执行bash命令.我知道怎么做,但是当我尝试将命令保存在变量中然后执行它时...我有问题.
这完全符合我的perl脚本:
system("samtools", "sort", $file, "01_sorted.SNP");
这不起作用,我想知道为什么,以及如何解决......:
my $cmd = "samtools sort $file 01_sorted.SNP";
print "$cmd\n"; # Prints the correct command BUT...
system($cmd);
错误:
open: No such file or directory
任何帮助将不胜感激,谢谢!
我有这个文件:
>first
GTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACC
>second
CGGTAAT
我的预期输出是这样的:
>first
GTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGC
CCCGAGCCGGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAACC
>second
CGGTAAT
说明:如果(行以'>'开头)打印; 否则,如果字符串的长度大于60,则将字符串拆分为60的子字符串.
我的想法在awk中是这样的,但也欢迎bash解决方案:
gawk '/^>/ {print;next;} {len=length; if(len>60){DO SOMETHING HERE (LOOP?)} else {print}}'
任何帮助将非常感谢!谢谢
我有这个字符串和哈希:
输入数据:
my $string = 'GATGCAGTTAGGCGTAGCAGAGTGAGACGACGACGATATTAGGACCCGGTAAGGCACAATATAGC';
my %coord_colors = (
10 => "red",
48 => "orange",
60 => "purple",
);
我想要做的是在每个散列键位置"打开"字符串,并插入键值.查看所需的输出以了解我正在尝试解释的内容:
期望的输出:
GATGCAGTTAredGGCGTAGCAGAGTGAGACGACGACGATATTAGGACCCGorangeGTAAGGCACAATpurpleATAGC
我知道substr和split函数是如何实现的,但我并没有激发如何"同时"分割几个部分的字符串,然后引入另一个字符串,最后加入.我已经考虑过做一个循环,并在添加第一个位置的同时改变位置,但我想知道找出这个任务的最佳方法.