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Rosalind:重叠图

我在罗莎琳德上遇到了一个问题,我认为我已经正确解决了,但我被告知我的答案不正确。该问题可以在这里找到:http://rosalind.info/problems/grph/

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它是基本图论,更具体地说,它涉及返回重叠 DNA 字符串的邻接列表。

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“对于一个字符串集合和一个正整数k,字符串的重叠图是一个有向图Ok,其中每个字符串由一个节点表示,当有长度时,字符串s与字符串t通过有向边连接s 的 k 后缀与 t 的长度 k 前缀匹配,只要 s\xe2\x89\xa0t;我们要求 s\xe2\x89\xa0t 来防止重叠图中出现有向循环(尽管可能存在有向循环)。

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给定:FASTA 格式的 DNA 字符串集合,总长度最多为 10 kbp。

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返回: O3对应的邻接表。您可以按任何顺序返回边。”

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所以,如果你有:

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Rosalind_0498\n AAATAAA

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Rosalind_2391\n AAATTTT

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Rosalind_2323\n TTTTCCC

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Rosalind_0442\n AAATCCC

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Rosalind_5013\n GGGTGGG

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您必须返回:

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罗莎琳德_0498 罗莎琳德_2391

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罗莎琳德_0498 罗莎琳德_0442

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罗莎琳德_2391 罗莎琳德_2323

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解析包含 DNA 字符串的 FASTA 文件后,我的 python 代码如下:

\n\n
        listTitle = []\n        listContent = []\n\n    #SPLIT is the parsed list of DNA …
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python string graph-theory

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