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Rscript 使用 renv 环境

如何执行命令,RScript myfile.R以便它使用其所在项目/目录的 renv 环境,而不是我的默认环境?

r renv

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熊猫将一行除以另一行并输出到同一数据帧中的另一行

对于数据框,例如:

      dt
                COL000  COL001
      STK_ID                
      Rowname1  2  2
      Rowname2  1  4
      Rowname3  1  1
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

将 Row1 除以 Row2 的结果附加到同一数据帧的最简单方法是什么?即期望的结果是:

                COL000  COL001
      STK_ID                
      Rowname1  2  2
      Rowname2  1  4
      Rowname3  1  1
      Newrow    2  0.5
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

对不起,如果这是一个简单的问题,我正在慢慢掌握 R 背景下的熊猫。

提前致谢!!!

python pandas

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Bookdown 未构建 - 替换长度为零

尝试在本地计算机上构建此 gitbook 时出现以下错误(试图将其用作创建自己工作的模板):

https://github.com/lgatto/IntroMachineLearningWithR

错误:

Error in x[i] <- sprintf("<a href=\"%s#%s\"", filenames[which.max(lines[lines <= : replacement has length zero

Calls: <Anonymous> ... <Anonymous> -> split_chapters -> restore_links -> lapply -> FUN

下面的警告也会出现,但这可能不是修复的关键任务:

In addition: Warning message: In split_chapters(output, gitbook_page, number_sections, split_by, : You have 6 Rmd input file(s) but only 5 first-level heading(s). Did you forget first-level headings in certain Rmd files?

会话信息:

sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS  10.14.1

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: …
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r bookdown

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ggplot2 facet_grid() strip_text_x() 基于因子的不同颜色

有没有办法对ggplot2 的facet_grid 中的facet 的名称或条形背景进行着色(不是实际网格的背景,正如这篇文章中所回答的: Conditionally Change panel background with facet_grid? )?

在以下示例中:

#create simple dataframe for plotting
xy <- data.frame(x = rep(1:10, times=3), y = rep(10:1, times=3), type = rep(LETTERS[1:2], each=5), type2 = rep(LETTERS[3:5], each=10), category = rep(c("control", "exp", "control"), each=10))
xy
#create base plot
plot <- ggplot(data = xy)+
geom_point(aes(x = x, y = y))+
facet_grid(type ~ type2)

#plot base plot   
plot
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有没有办法根据分类变量(例如,我在上面指定的数据框中的“类别”,因此所有控件都有一个红色条,所有的 exp - 一个绿色条)?

提前致谢!

PS我实际上想做的是展示生物实验的结果:

  • 每个基因的两个箱线图以显示变异性;基因名称在条带中

  • 网格的背景是白色或灰色,灰色显示作为对照的基因

  • 我想使用标题中文本的颜色来表示该基因在我的实验中是否重要(我需要在同一图中显示经过验证的基因和未经验证的基因)

r ggplot2

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一个班轮想要:创建数据框并给出colnames:R data.frame(...,colnames = c("a","b","c"))

是否有更容易(即一行代码而不是两行!)的方式来执行以下操作:

results <- as.data.frame(str_split_fixed(c("SampleID_someusefulinfo.countsA" , "SampleID_someusefulinfo.countsB" , "SampleID_someusefulinfo.counts"), "\\.", n=2))
names(results) <- c("a", "b")
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就像是:

results <- data.frame(str_split_fixed(c("SampleID_someusefulinfo.countsA" , "SampleID_someusefulinfo.countsB" , "SampleID_someusefulinfo.counts"), "\\.", n=2), colnames = c("a", "b"))
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我做了很多,并且真的很想有办法在一行代码中使用它.

/data.table也适用,如果它比基础data.frame /更容易做到

澄清:

我的预期输出(通过在顶部运行两行代码实现 - 我希望它是一个 - 这就是它!!!)是结构的结果数据框架:

results
                       a      b
1 SampleID_someusefulinfo countsA
2 SampleID_someusefulinfo countsB
3 SampleID_someusefulinfo  counts
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我想做的是:

  1. 从矩阵或某些内容创建数据框(例如矩阵的玩具代码(c(1,2,3,4),nrow = 2,ncol = 2)我在我写的第一个例子中提供)
  2. SPECIFY 在同一行什么,我想我的数据帧的列名是

r

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