小编dia*_*iaj的帖子

我目前正在尝试使用ggplot2制作一个'热图'来显示一系列p值,但无法弄清楚如何定制实际的颜色分配和图例.

sampledata.m <- melt(sampledata)
sampledata.m$var2 <- as.character(sampledata.m$var2)
sampledata.m$var2 <- factor(sampledata.m$var2, levels=unique(sampledata.m$var2),ordered=TRUE)
sampledata.m$var1 <- as.character(sampledata.m$var1)
sampledata.m$var1 <- factor(sampledata.m$var1, levels=unique(sampledata.m$var1),ordered=TRUE)

这样做是为了保持变量的顺序.

p <- ggplot(sampledata.m, aes(var2, var1)) + 
  geom_tile(aes(fill = value), colour = "transparent") +    
  scale_fill_gradientn(colours=c("light green","dark green", "black"),
    values=rescale(c(0,0.0003,0.05,0.5,1)),limits=c(0,1)))
p + theme_bw(base_size = base_size) + labs(x = "", y = "") + 
  scale_x_discrete(expand = c(0,0)) + 
  theme(legend.position = "bottom", axis.ticks = element_blank(), 
    axis.text.x = element_text(size = base_size * 0.8, angle = 310, 
    hjust = 0, colour = "black"))

这会创建一个漂亮的情节,但我的图例和我的颜色渐变并不代表我指定的重新缩放.原谅我的无知,如果这是一个简单的修复,但我现在只编写了R大约2周.理想情况下,我会喜欢我的情节和传奇,以模仿与本文类似的配色方案和图例标签:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22496159 …

我正在创建一个热图使用ggplot(),并希望利用3色方案scale_fill_gradient2().我发现,中间颜色太宽,往往会显示我的一些数据(例如使用"黑色").是否可以定义被认为是"中间"的范围,以使其更窄？如果没有,是否有更好的方式可以这样做？

数据集:

structure(list(var1 = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, …