我有一个data.frame,我想在其上应用分位数,使数据看起来更简单:
> head(Quartile)
GSM1321374 GSM1321375 GSM1321376 GSM1321377 GSM1321378 GSM1321379
1415670_at 11.203302 11.374616 10.876187 11.23639 11.02051 10.926481
1415671_at 11.196427 11.492769 11.493717 11.01683 11.15016 11.576188
1415672_at 11.550974 11.267559 11.800991 11.57551 10.93359 11.222779
1415673_at 11.293390 10.978280 11.367316 10.45135 10.35822 10.234964
1415674_a_at 9.254073 10.572670 9.361991 11.26998 10.21125 10.245857
1415675_at 9.922985 9.228195 9.798156 10.02844 10.19928 9.749947
我应用了以下功能,它完成了这项工作.
quantfun <- function(x) as.integer(cut(x, quantile(x, probs=0:4/4), include.lowest=TRUE))
a <- apply(Quartile,1,quantfun)
b <- t(a)
colnames(b) <- colnames(Quartile)
输出是:
> head(b)
GSM1321374 GSM1321375 GSM1321376 GSM1321377 GSM1321378 GSM1321379
1415670_at 3 4 …我有一个包含 1 列的矩阵：
> Control_Title_name
vehicle_scan_id4
153 "CL2004060801AA"
155 "CL2004060801AA"
232 "EC2004102602AA"
我想添加一个新列（名为“类”），如下所示：
> Control_Title_name
vehicle_scan_id4 Class
153 "CL2004060801AA" "Control"
155 "CL2004060801AA" "Control"
232 "EC2004102602AA" "Control"
第一列（“vehicle_scan_id4”）的长度是可变的，所以我希望“Control”作为第二列（“Class”）中的一个值出现在每一行中。
> Phenodata
Name FileName Target
153 "EC2004060203AA.CEL" "EC2004060203AA.CEL" "Treatment"
155 "EC2004060205AA.CEL" "EC2004060205AA.CEL" "Treatment"
232 "EC2004102606AA.CEL" "EC2004102606AA.CEL" "Treatment"
153 "CL2004060801AA.CEL" "CL2004060801AA.CEL" "Control"
155 "CL2004060801AA.CEL" "CL2004060801AA.CEL" "Control"
232 "EC2004102602AA.CEL" "EC2004102602AA.CEL" "Control"
这就是我的最终矩阵的样子。有没有一种方法可以只根据唯一行的值而不是row.names. 例如，第 4 行和第 5 行包含完全相同的值。我的新矩阵可能只包含其中之一，而不是两者。