我花了差不多一整天试图让这个运行起来,最后决定来到SO,因为这里有人会尝试这个=)
我想得到一台运行rpud(或其他R GPU包)的Amazon-EC2 GPU机器,cg1.4xlarge或g2.2xlarge,因为它们是亚马逊(AWS)唯一的两台GPU机器.
这篇文章如何使用Amazon EC2 Panel运行GPU实例？帮助我意识到我不能只是将我的rstudio-server机器更改为gpu机器,因为我使用了错误的AMI.
从Amazon CentOS 6(x86_64)开始使用此AMI - 使用更新
因此我决定自己构建并开始遵循http://www.r-tutor.com/gpu-computing/rpud-installation中的说明.和http://www.louisaslett.com/Talks/GPU_Programming_Basics_Getting_Started/Handout.pdf一样(路易斯·阿斯莱特也是一个在ec2上使用rstudio-server的惊人演示的人(http://www.louisaslett.com)/RStudio_AMI /).
这两个最终都会引导您到这里:http://docs.nvidia.com/cuda/cuda-getting-started-guide-for-linux/index.html#package-manager-installation,这样您就可以获得CUDA工具包(这似乎是GPU计算的必需品).一些AWS机器已经安装了Cuda工具包,但是我想我会在第一次尝试时遵循指示(即使它们已经安装,有时版本的东西也和我的一些教程不一样)找到).所以我按照这些指示去了T,最后我得到了一些错误,比如nvidia-settings-319.37-30.fc18.x86_64 (cuda) Requires: libgdk-x11-2.0.so.0()(64bit)当我尝试运行示例时$ cuda-install-samples-5.5.sh <dir>.所以我下载了所有必需的软件包.我再次尝试并最终得到rpud错误(将在稍后详述).
这台机器是Ubuntu-12.04
所以当然我认为,有人必须已经为此建立了一个AMI并找到一个用python做过的人.我可能最终会因为速度更高的奖金而最终使用python,但此时我想让它与R一起工作.这里:http://vasir.net/blog/opencl/installing-cuda-opencl-pyopencl-on -aws-ec2是AMI /指令的链接,如果你愿意,可以从头开始构建它.当然,那么你必须安装R,默认为R2.14,所以按照这篇文章如何安装R版本3以使R.3.1.0运行,因为rpud需要R> = R.2.8.
按照上面列出的r-tutor网站的指示(通过简单地使用install.packages('rpud')或$ R CMD INSTALL rpud_<version>.tar.gz
使用指示http://cran.r-project.org/web/packages/rpud/INSTALL,我收到以下消息:
* installing *source* package ‘rpud’ ...
checking "environment variable CUDA_HOME"... "CUDA_HOME not set; using default /usr/local/cuda"
checking for /usr/local/cuda/bin/nvcc... yes
"nvcc …