我在群集上运行一些R脚本时遇到问题.问题突然出现(所有脚本都工作正常,但有一天他们开始caught segfault出错).我无法提供可重现的代码,因为我甚至无法在我自己的计算机上重现错误 - 它只发生在群集上.我也使用相同的代码来处理两组数据 - 一个非常小而且运行正常,另一个使用更大的数据帧(大约1000万行)并在某些点崩溃.我只使用CRAN存储库中的包; R和所有包都应该是最新的.错误显示在完全不相关的操作上,请参阅以下示例:
会话信息:
R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)
将变量写入NetCDF文件
# code snippet
library(ncdf4)
library(reshape2)
input <- read.csv("input_file.csv")
species <- "no2"
dimX <- ncdim_def(name="x", units = "m", vals = unique(input$x), unlim = FALSE)
dimY <- ncdim_def(name="y", units = "m", vals = unique(input$y), unlim = FALSE)
dimTime <- ncdim_def(name = "time", units = "hours", unlim = TRUE)
varOutput <- ncvar_def(name = species, units = "ug/m3",
dim = …