小编Lep*_*ult的帖子

GGally:从图中提取数据

我想制作一个数据框,其中包含用于ggplotGGally上面生成的汇总数据(变量和相关值)。

library(ggplot2)
library(GGally)
data(flea)
p <- ggpairs(flea, columns = 2:4)
p.2.df <- ggplot_build(p)
Error in UseMethod("ggplot_build") : 
  no applicable method for 'ggplot_build' applied to an object of class "c('gg', 'ggmatrix')"
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但不幸的是,这ggplot_build不起作用。请问有什么帮助吗?

r ggplot2 ggally

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无法分配 geom_raster 大小向量的问题

size vector cannot be allocated我对函数中反复出现的问题感到惊讶geom_raster。这个问题发生在小数据集上,在我的例子中,有 1559 个观察值。我尝试这样做:

# Read the raster in data frame format
ras_df<-read.csv("https://raw.githubusercontent.com/Leprechault/trash/main/myraster_df.csv")
str(ras_df)
#'data.frame':  1559 obs. of  3 variables:
# $ cc       : num  65 85.6 82.7 85.6 89.4 ...
# $ longitude: num  -50.6 -50.6 -50.6 -50.6 -50.6 ...
# $ latitude : num  -24.2 -24.2 -24.2 -24.2 -24.2 ...

# Representation
ggplot() +
  geom_raster(data = ras_df , aes(x = longitude, y = latitude, fill = cc)) + 
  scale_fill_gradientn(name="Canopy cover",colours = rev(terrain.colors(100)))+ …
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r raster ggplot2 r-raster r-sf

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组间的PERMANOVA多元分布与方差同质性ANOVA不同

我尝试了解组之间的PERMANOVA假设multivariate spread类似于中的方差同质性univariate ANOVA,为此,我制作了R代码,但找不到此结果,为什么?

我的代码:

library(vegan)

# Four similar populations:
spdf <- matrix(NA, 60, 4, dimnames =
               list(1:60, c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4")))
spdf <- as.data.frame(spdf)
eff <- sort(rep(1:6, 10))
spdf$sp1 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)
spdf$sp2 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)
spdf$sp3 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)
spdf$sp4 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)

#3 Treatment 

treat <- gl(3, 20, labels = paste("t", 1:3, sep=""))

# distance matrix

envdist <- vegdist(spdf, method="euclidean") …
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r multivariate-testing vegan manova

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