小编Kam*_*ron的帖子

我必须写一份文件,说明书非常严格.所有数字(轴标签,刻度标签,图例)内的文字大小必须为7pt.由于某些原因,我使用基本图形包,不能使用额外的包,如ggplot2.在"graphics"(?par)的选项中,我只看到此cex参数和派生词允许相对于默认大小修复文本大小.

R graphics的默认字体大小是多少？

试运行是工作流语言的一个非常重要的功能。我所看到的主要是运行命令时将执行的内容，这正是运行时看到的内容make -n。

然而类比功能snakemake -n打印出类似的东西

Building DAG of jobs...

rule produce_output:
    output: my_output
    jobid: 0
    wildcards: var=something

Job counts:
    count   jobs
    1   produce_output
    1

日志包含除执行的命令之外的所有内容。有没有办法从snakemake获取命令？

我之前在LSF集群上使用过snakemake，一切都工作得很好。然而，最近我迁移到 SGE 集群，当我尝试使用多个通配符运行一项作业时，出现了一个非常奇怪的错误。

当我尝试根据此规则提交作业时

rule download_reads :
    threads : 1
    output : "data/{sp}/raw_reads/{accesion}_1.fastq.gz"
    shell : "scripts/download_reads.sh {wildcards.sp} {wildcards.accesion} data/{wildcards.sp}/raw_reads/{wildcards.accesion}"

我收到以下错误（snakemake_clust.sh详细信息如下）

./snakemake_clust.sh data/Ecol1/raw_reads/SRA123456_1.fastq.gz                                          
Building DAG of jobs...
Using shell: /bin/bash
Provided cluster nodes: 10
Job counts:
        count   jobs
        1       download_reads
        1

[Thu Jul 30 12:08:57 2020]
rule download_reads:
    output: data/Ecol1/raw_reads/SRA123456_1.fastq.gz
    jobid: 0
    wildcards: sp=Ecol1, accesion=SRA123456

scripts/download_reads.sh Ecol1 SRA123456 data/Ecol1/raw_reads/SRA123456
Unable to run job: ERROR! two files are specified for the same host
ERROR! two files are specified for the …

有没有一种优雅的方法可以将外部文件中的表包含在 GitHub 呈现的 Markdown 文档中？

我能想到的不优雅的解决方案：

1. 将其作为图像包含（这个真的很难看）
2. 使用 Rmarkdown 并使用 R 打印表格（默认情况下不会渲染）

只是做一些解释。我在我的 git 存储库（由 GitHub 托管）中使用一组README.md文件，因此在线浏览存储库非常清晰，因为 GitHub 会自动渲染README.md每个子目录中的文件。

我正在通过算法生成应包含在这些文档中的汇总表。如果可以从外部文件读取该表，那就更优雅了，因为我不想编写README.md直接修改文件的脚本。

我正在处理一个大型BLAST文件和一个大型FASTA文件,我需要为一个BLAST块加载几行FASTA(假设它是一行).

我希望在BLAST的第二个循环(行)中,它将继续在最后处理的FASTA行的下一行,但它正在加载所有相同的FASTA行.为什么？我怎样才能加载下一行？是否真的有必要添加一些索引？

with open(fastaname,'r') as fastafile:
  with open(blastfilename,'r') as blastfile:
    for line in blastfile:
      while True:  
        fastaline = fastafile.readline()[:-1]  
            if fastaline[0]=='>':  
                break  
            fastaseq += fastaline
      somefunction(line,fastaseq)

FASTA有典型的格式:

>name_of_seqence\n  
ACGATCATCGTAGCTGCATGACTGCA\n  
GATCGATCTGATCGATGCAGTCAGTA\n
>name_of_seqence\n  
GCACGCGACCACGATCATTGACTGCA\n  
CAAAAGATCTGATCGATGCAGTCAGT\n
CAGTCGATGCTAGTCGATGCTCGATA\n
etc.

我需要每个序列用于下一个BLAST序列的每一行.