小编Mar*_*les的帖子

是否有可能抑制R中gc()的所有消息？

通常喜欢suppressWarnings(gc( ))或suppressMessages(gc( ))不工作.gc( )本身有一个verbose选项,但这不是我喜欢它的工作方式:

> gc(verbose=TRUE)
Garbage collection 375 = 234+40+101 (level 2) ... 
17.9 Mbytes of cons cells used (41%)
171.2 Mbytes of vectors used (43%)
used  (Mb) gc trigger  (Mb) max used  (Mb)
Ncells   334493  17.9     818163  43.7   818163  43.7
Vcells 22431904 171.2   52178020 398.1 50193465 383.0
> gc(verbose=FALSE)
used  (Mb) gc trigger  (Mb) max used  (Mb)
Ncells   334496  17.9     818163  43.7   818163  43.7
Vcells 22431916 171.2   52178020 398.1 …

虽然我的问题似乎很容易,但我现在已经有一段时间了.我有一个包含P值的对称矩阵.现在我想从矩阵中删除所有不包含超过确定阈值的值的行/列.

示例矩阵:

test <- c(1.0000000000, 0.001996328, 0.000176308, 0.0002305861, 0.1514324000,
0.0019963281, 1.000000000, 0.007106454, 0.409054300, 0.001210349,
0.0001763080, 0.007106454, 1.000000000, 0.217609400, 0.185434400,
0.0002305861, 0.409054269, 0.217609401, 1.000000, 1.972118e-09,
0.1514324468, 0.001210349, 0.185434396, 1.972118e-09, 1.000000)
m <- matrix(test, nrow=5, ncol=5)
genes <- c("geneA", "geneB", "geneC", "geneD", "geneE")
rownames(m) <- genes
colnames(m) <- genes
m

这将导致:

            geneA        geneB       geneC       geneD        geneE
      geneA 1.0000000000 0.001996328 0.000176308 2.305861e-04 1.514324e-01
      geneB 0.0019963280 1.000000000 0.007106454 4.090543e-01 1.210349e-03
      geneC 0.0001763080 0.007106454 1.000000000 2.176094e-01 1.854344e-01
      geneD 0.0002305861 0.409054300 0.217609400 1.000000e+00 1.972118e-09
      geneE 0.1514324000 …