小编Adr*_*nP.的帖子

找不到我在哪里问,也许错误的关键词.基本上,我在矩阵中有3个维度:

> head(info)
        [,1]   [,2]  [,3]
[1,] 8.59645 251944 22.89
[2,] 6.95160 141559 21.35
[3,] 7.43870 131532 22.99
[4,] 8.64467 126688 22.72
[5,] 8.77482 123120 22.17
[6,] 7.22364 122268 24.46

我正在密封信息[,3]与信息[,2]

plot(info[,3], info[,2], type="p", pch=20)

我想用基于info [,1]的热图来为点着色.

我可以做这样的事情:

plot(info[which(info[,1] <= 2),3], info[which(info[,1] <= 2),2], type="p", pch=20, col="black")
lines(info[which(info[,1] >= 2),3], info[which(info[,1] >= 2),2], type="p", pch=20, col="red")

但我相信热图会更好看.

有任何想法吗？谢谢,阿德里安

解决方案:谢谢大家的精彩建议!这是有效的:

qplot(info[,3], info[,2], colour=info[,1]) + scale_colour_gradient(limits=c(0, 10), low="green", high="red")

在进行传统绘图时,我可以使用xlim和ylim来显示我想要绘制的范围.

我怎样才能在ggplot中实现这一目标？

编辑:我绘制的数据集示例:

real <- read.table("http://pelinfamily.ca/bio/GDR-18_conc.ld", header=F)
dd <- data.frame(Distance=real[,2]-real[,1], r.2=real[,13])

ggplot(dd, aes(x=Distance, y=r.2)) +
   stat_summary(fun.data="mean_sdl", mult=1, geom="ribbon", alpha=.4) + 
   stat_summary(fun.data="mean_sdl", mult=1, geom="line")

我查看了其他一些帖子,我仍然无法弄清楚如何做一些简单的事情.

假设:

x <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9)
y <- c(2,4,6,8,10,12,14,16,18)
a <- 23.54

现在我想绘制:

plot(x, y, main=c("Interesting Title", a))

然而,这将23.54放在新线上,将其视为第二个冠军头衔.我怎么能在一行中制作它？

谢谢

快速的.fasta文件背景,从第一行开始的每一行开始>,之后我们有标题名称.文件中没有其他地方我们可以找到>.由于有时合并2个fasta文件会导致非唯一的标题名称,我想要一个简单的脚本,使每个标题名称都是唯一的.

我有:

for i in {1..4013}; do awk '/>/{c++;if(c=='"$i"'){sub(">",">'"$i"'_")}}1' Combined_Pass_2D_nanocorrect_round1_renamed.fasta > tmp.fasta; \ 
rm -rf Combined_Pass_2D_nanocorrect_round1_renamed.fasta; \ 
mv tmp.fasta Combined_Pass_2D_nanocorrect_round1_renamed.fasta; done

你可能猜到这需要很长时间,但它确实可以解决问题.我曾经grep -c找到标题的数量,并确定它是4013.

有更快的方法吗？