我正在处理时间序列的栅格(modis ndvi图像)来计算系列的平均值和偏差.每年一次的系列由23个ndvi.tif图像组成,每个图像分别为508Mb,因此总计需要11Gb才能处理.以下是一年的剧本.我必须重复这个问题多年.
library(raster)
library("rgeos")
filesndvi <- list.files(, pattern="NDVI.tif",full.names=TRUE)
filesetndvi10 <- stack(filesndvi)
names(filesetndvi10)
avgndvi10<-mean(filesetndvi10)
desviondvi10 <- filesetndvi10 - avgndvi10
sumdesvioc <-sum(desviondvi10^2)
varndvi10 <- sumdesvioc/nlayers(filesetndvi10)
sdndvi10 <- sqrt(varndvi10)
cvndvi10 <- sdndvi10/avgndvi10
问题是:进程累积地写入硬盘驱动器,直到它满了.不知道进程写入HD的位置.我发现清除HD的唯一方法就是重启.试过rm,没用.尝试关闭RStudio,没有奏效.我正在使用R 3.0.2与RStudio 0.98.994与Ubuntu 14.04在4Gb RAM华硕UX31与256Gb高清.在没有重新启动的情况下,每年计算后清理高清的任何想法都将受到欢迎.谢谢
我想要计算AUC使用auc(roc(predictions, labels)),其中labels是1(x15)和0(x500)predictions的数值向量,并且是具有从glm[二项式] 导出的概率的数值向量.它应该非常简单,但auc(roc(predictions, labels))会给出一个错误,说"在ROC曲线下计算区域的预测不够".我必须做些傻事,但我无法发现什么.你能？
代码是
library(AUC)
#read the data, that come from a previous process of a species distribution modelling
prob<-read.csv("prob.csv")
labels<-read.csv("labels.csv")
#prob is
#labels is
roc(prob,labels)
#Gives the error (that I'm NOT interest in)
Error in `[.data.frame`(predictions, pred.order) : undefined columns selected
In addition: Warning messages:
1: In is.na(x) : is.na() applied to non-(list or vector) of type 'NULL'
2: In is.na(e2) : …