我是一名生物学研究生,在过去的几个月里,我自学了一个非常有限的python来处理我的一些数据.我不是要求做作业帮助,这是一个研究项目.
使用此代码,我打算取一个名为sequence的字符串的一部分,在:找到"蛋白质翻译"的起始位点,或第一次出现的ATG(生物学术语是起始密码子),然后第一次出现TAA(终止密码子) ).
然后函数translate_dna()应该为字符串中的每三个字母交换字典值.变量CDS存在正常,但是,或者,如果我的函数中的循环不起作用:(.有任何建议吗？输入文件的格式如下:
>gnl|GNOMON|230560476.m Model predicted by Gnomon on Homo sapiens unplaced genomic scaffold, alternate assembly HuRef DEGEN_1103279082069, whole genome shotgun sequence (NW_001841731.1)
CCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTTATCCAAGGACATGGAAAAGCCAACACCATGGTAGCATTAATGAAAG
TTTACCAAGAGGAAGATGAAGCCTACCAGGAATTAGTTACCATGGCAACCATGTTTTTCCAGTACTTACT
GCAGCCATTTAGGGCTATGCGAGAAGTTGCAACTTTATGTAAGCTTGAT
>gnl|GNOMON|230560472.m Model predicted by Gnomon on Homo sapiens unplaced genomic scaffold, alternate assembly HuRef DEGEN_1103279082069, whole genome shotgun sequence (NW_001841731.1)
GCCGGCGTTTGACCGCGCTTGGGTGGCCTGGGACCCTGTGGGAGGCTTCCCCGGCGCCGAGAGCCCTGGC
TGACGGCTGATGGGGAGGAGCCGGCGGGCGGAGAAGGCCACGGGCTCCCCAGTACCCTCACCTGCGCGGG
ATCGCTGCGGGAAACCAGGGGGAGCTTCGGCAGGGCCTGCAGAGAGGACAAGCGAAGTTAAGAGCCTAGT
GTACTTGCCGCTGGGAGCTGGGCTAGGCCCCCAACCTTTGCCCTGAAGATGCTGGCAGAGCAGGATGTTG
TAACGGGAAATGTCAGAAATACTGCAAGCAAACTGAAAACAACCCATCCATGTAGGAAAGAATAACACGG
ACTACACACTATGAGGAAACCACAGGGGAGTTTCAGGCCAGTCAGCTTTTGATCTTCAACTTTATAACTT
TCACCTTAGGATATGACGAGCCCACCGGAGTTTCAAAAATGGTATCATTTTGTATCAGGCTTGTTTTTTA
CACTCTTGGTTTCTCACAGAGATAGGTGGTTTCTCCTTAAAATCGAACATTTATATGATGCATTTTACTG
TAGTTACTATCAGAAAAGTTAGTTTTCCCAAATTTAAGTTCACTCTGGGGTACTATAGCGTGAATGTAGT
TCATTCTGTTGAGCTAGTTGTTCATGTTAGTGTAGTTCACATATTTATCTGGAACTCAAAAATGAGGGGT
TGAGAGGGGAAGCTAAAATTCAAAACATGTCCAAATATATAATTTTAATATTTTACTTTATATTTAAAAT
AGAAAAGCAATTGATTCTAGAATTAGACTAATTGCTAGCATTGCTAGGATATATAAAATGAAGCTGAATG
TTTTAACTCTGGAATTTTTCTGAATAGTCTAAGAAATAAGGCTGAAGTGTATCACTTGCCTTAAGTTTAC
TTTTGCGTGTGTGTTTTAATTTTGTTCAGTGGGGCTTTCACTTAAAAAAAAAACCATAATATTATTACCT
GGATAAAAAATACAGCTGAAAGTAGATCACTTTATCTTTAAGCAGAAGGATGGAAATAGAAGAATTTTAA
GAATGTATTGGTTGAAAAACATCTATATTATTTTATTTTTATTTCTCTTCTTGTGGGAGTAAAATAATTT
CCAACCAAATCAGTCCACCTAGATTATACACTGTTCAGTTTGTTTTCTGCCCTGCAGCACAAGCAATAAC
CAGCAGAGACTGGAACCACAGCTGAGGCTCTGTAAATGAGTTGACTGCTAAGGACTTCATGGGGATATTA
ACCTGGGGCATTAAGAGAATCAACATGCTAAAGTACTTGGAGACAGCTCTGTAATGTTTTATGAGGTTTT
TTGTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCACTGTCGCCCAGGCTGG
码:
from sys import argv
script, filename …