小编bgb*_*ink的帖子

我是D3.js的新手,我的垂直条形图有问题.出于某种原因,当我使用rangeRoundBands进行缩放时,轴和条之间的距离太大.在API中,它解释如下:

所以问题似乎是outerPadding.但是将outerPadding设置为零并没有帮助.但是,当我使用rangeBands时,问题就会消失,并且条形正确定位在轴的正下方.但后来我会得到这些讨厌的抗锯齿效果,所以这不是一个真正的选择.这是我的代码:

var margin = {top: 40, right: 40, bottom: 20, left: 20},
    width = 900 - margin.left - margin.right,
            height = x - margin.top - margin.bottom;

    var x = d3.scale.linear().range([0, width]);

    var y = d3.scale.ordinal().rangeRoundBands([0, height], .15, 0);

    var xAxis = d3.svg.axis()
            .scale(x)
            .orient("top");

    var xAxis2 = d3.svg.axis()
            .scale(x)
            .orient("bottom");

    var xAxis3 = d3.svg.axis()
            .scale(x)
            .orient("bottom")
            .tickSize(-height, 0, 0)
            .tickFormat("");

    var svg = d3.select("#plotContainer").append("svg")
            .attr("width", width + margin.left + margin.right)
            .attr("height", height + margin.top + margin.bottom)
            .append("g")
            .attr("transform", "translate(" …

我有一个具有以下结构的 python 3 包：

.\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 package\n\xe2\x94\x82   \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 bin\n        \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 main_module\n\xe2\x94\x82   \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 lib\n\xe2\x94\x82       \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 __init__.py\n\xe2\x94\x82       \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 module1.py\n\xe2\x94\x82       \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 module2.py\n\xe2\x94\x82       \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 module3.py\n\xe2\x94\x82   \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 test\n\xe2\x94\x82       \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 test1.py\n\xe2\x94\x82       \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 test2.py\n\xe2\x94\x82       \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 test3.py\n\xe2\x94\x82   \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 setup.py\n

通常，只要跑一跑$ python3 setup.py install就万事大吉了。但是，我想在集群服务器上使用这个包，但我没有写入权限/usr/lib/. 我想到了以下解决方案。

\n

1. 以某种方式将包本地安装在我的用户文件夹中。

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2. 修改该包，使其无需安装即可运行。

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3. 请 IT 人员帮我安装该软件包。

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我想避免 3.，所以我的问题是 1. 是否可能，如果不可能，我必须如何修改代码（特别是导入）以便能够在不安装的情况下使用该包。我整个早上都在阅读有关 python 中的相对导入的内容，现在我比以前更困惑了。我添加__init__.py到包和垃圾箱中，从我读到的内容来看，我认为它必须是这样from package.lib import module1，但我总是得到ImportError: No module named lib。

我正在研究R软件包(https://github.com/bgbrink/dropClust),我正在测试它是否可以安装,因为它取决于CRAN和Bioconductor的许多软件包.我在描述中指定了Bioconductor中的三个依赖项:

Remotes: 
bioc::flowDensity, 
bioc::SamSPECTRAL, 
bioc::flowPeaks

但是,当我尝试安装软件包时,flowPeaks的安装失败,因为脚本下载了软件包的源版本,这需要GSL存在才能进行编译.

* installing *source* package ‘flowPeaks’ ...
** libs
clang++  -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/include  `gsl-config --cflags`  -fPIC  -Wall -g -O2  -c Rpack.cpp -o Rpack.o
/bin/sh: gsl-config: command not found
In file included from Rpack.cpp:16:
./gvector_gmatrix.h:24:10: fatal error: 'gsl/gsl_math.h' file not found
#include <gsl/gsl_math.h>
         ^
1 error generated.
make: *** [Rpack.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘flowPeaks’

当我从Bioconductor手动下载软件包时,一切正常,因为脚本下载了软件包的二进制版本.我可以在某处指定这是默认行为吗？我尝试了选项(pkgType ="binary")但没有成功.

编辑:没有新的想法,所以我碰到了一次.

我有大量这样组织的输入文件：

data/
??? set1/
?   ??? file1_R1.fq.gz
?   ??? file1_R2.fq.gz
?   ??? file2_R1.fq.gz
?   ??? file2_R2.fq.gz
|   :
?   ??? fileX_R2.fq.gz
??? another_set/
?   ??? asdf1_R1.fq.gz
?   ??? asdf1_R2.fq.gz
?   ??? asdf2_R1.fq.gz
?   ??? asdf2_R2.fq.gz
|   :
?   ??? asdfX_R2.fq.gz
:   
??? many_more_sets/
    ??? zxcv1_R1.fq.gz
    ??? zxcv1_R2.fq.gz
    :
    ??? zxcvX_R2.fq.gz

如果您熟悉生物信息学 - 这些当然是来自配对末端测序运行的 fastq 文件。我正在尝试生成一个可以读取所有这些的蛇形工作流程，但我已经在第一条规则上失败了。这是我的尝试：

configfile: "config.yaml"

rule all:
    input:
        read1=expand("{output}/clipped_and_trimmed_reads/{{sample}}_R1.fq.gz", output=config["output"]),
        read2=expand("{output}/clipped_and_trimmed_reads/{{sample}}_R2.fq.gz", output=config["output"])

rule clip_and_trim_reads:
    input:
        read1=expand("{data}/{set}/{{sample}}_R1.fq.gz", data=config["raw_data"], set=config["sets"]),
        read2=expand("{data}/{set}/{{sample}}_R2.fq.gz", data=config["raw_data"], set=config["sets"])
    output:
        read1=expand("{output}/clipped_and_trimmed_reads/{{sample}}_R1.fq.gz", output=config["output"]),
        read2=expand("{output}/clipped_and_trimmed_reads/{{sample}}_R2.fq.gz", output=config["output"])
    threads: 16 …