我在 RStudio 中使用 R Markdown，并且更喜欢使用黑色背景编写代码。我的表格在使用 kable 的输出 html 文档中格式化得很好。但是，我注意到我无法读取 kable 的输出，因为文本颜色是黑色：

但如果我使用 pander，它知道使用白色文本......

但是我的报告中的内容很丑陋：

我怎样才能让 kable 在 RStudio 中使用白色文本，或者让 pander 在我的报告中生成更漂亮的表格？

我正在分析存储由疾病模拟模型输出的数据的大表（300 000 - 500 000 行）。在模型中，景观中的动物会感染其他动物。例如，在下图中的示例中，动物a1感染了景观中的每只动物，并且感染从动物移动到动物，分支为感染“链”。

在下面的示例中，我想获取存储有关每只动物的信息的表（在下面的示例中， table = allanimals）并仅切出有关 Animald2感染链的信息（我已将d2's 链突出显示为绿色）这样我就可以计算出该感染链的平均栖息地价值。

虽然我的 while 循环有效，但当表存储数十万行并且链有 40-100 个成员时，它就像糖蜜一样缓慢。

关于如何加快速度的任何想法？希望得到tidyverse解决。我知道我的示例数据集“看起来足够快”，但我的数据确实很慢......

示意图：

以下示例数据的所需输出：

   AnimalID InfectingAnimal habitat
1        d2              d1       1
2        d1              c3       1
3        c3              c2       3
4        c2              c1       2
5        c1              b3       3
6        b3              b2       6
7        b2              b1       5
8        b1              a2       4
9        a2              a1       2
10       a1               x       1

示例代码：

library(tidyverse)

# make some data …

我使用以下命令创建了一个由三层（小提琴图、箱图和蜂群图）组成的图表

library(ggplot2)
library(ggbeeswarm)

df <- data.frame(var1 = sample(c("Condition A", "Condition B"), 50, replace =T),
   var2 = sample(c("Group 1", "Group 2"), 50, replace =T),
   value = sample(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10), 50, replace =T))

ggplot(df, aes(x=var1, y=value, fill = var2, group = interaction(var1,var2))) +
  geom_violin(position = position_dodge(0.8)) +
  geom_boxplot(position = position_dodge(0.8), width = .6, outlier.shape = NA) +
  # from ggbeeswarm
  geom_quasirandom(method = "pseudorandom", dodge.width=0.8, size = 3, alpha = 0.6) +
  scale_fill_manual(values=alpha(c("#848484","#0F185B"), .3)) + 
  scale_color_manual(values=c("#848484","#0F185B")) +
  theme_bw() +
  theme(text = element_text(size=15))

剧情是 这样的。 然而，我希望小提琴是箱线图下方的简单阴影区域，即具有透明填充，但没有轮廓，这样箱线和小提琴的线条就不会冲突，并且图形更容易查看。 …

我正在尝试使用ggplot2.

如果我使用 coord_equal 来处理点的大小和形状，我可以非常接近，但是......

library(ggplot2)
df <- data.frame()
Years <- 1990:2020
for(i in 1:length(Years)) {
  Year <- Years[i]
  week <-1:52
  value <- sort(round(rnorm(52, 50, 30), 0))
  df.small <- data.frame(Year = Year, week = week, value = value)
  df <- bind_rows(df, df.small)
}


ggplot(df, aes(week, Year, color = value)) +
  geom_point(shape = 15, size = 2.7) +
  scale_color_gradientn(colours = rainbow(10)) +
  coord_equal()

问题是，

使用我的真实数据，我想“拉伸”图形，以便我可以更清楚地看到它（我的时间序列更短），并且当我不使用 coord_equal 时，正方形不会填充图形区域：

ggplot(df, aes(week, Year, color = value)) +
  geom_point(shape = 15, size = …

我有一个像下面这样的图，我需要在其中显示一个图标题和一些长的方面标签。在ggplot2，它看起来很好。

代表：

library(ggplot2)
library(stringr)
library(plotly)

iris$Species2 <- paste(iris$Species, "... some text to make the label really long and hard to put on a facet label")
iris$Species2 <- str_wrap(iris$Species2, 20)

g <- ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, color = Species)) +
  geom_point() +
  labs(title = "This title isn't helping anyone") + 
  facet_wrap(~Species2)

g

但是，转换为动态图并没有按预期工作......刻面标签被切断并进入标题：

gp <- ggplotly(g)
gp

之前有一个关于 this 的 SO question，但看起来 OP 没有尝试答案 - 没有人发现建议的答案没有按预期工作。

plotly当涉及到方面时，我对奇怪的行为并不陌生- 请参阅github 上的对话，但我不太了解plotly修改对象以强制它具有更长的 strip.background。

希望有人可以帮助我修改对象gp …