我在 imageJ 中编写了一个宏，它会输出一个数据框，然后在 R 中进行分析。我希望能够在 R 中运行整个过程，而不必先在 imageJ 中手动运行宏。目前宏提示用户输入和输出目录，然后做它的事情。我在想 R 中必须有一个函数可以让我指定宏以及输入和输出目录（然后我可以在宏中重新编码这些变量以某种方式通过 R 脚本获取这些参数？）
我认为我可以使用 system() 命令，并从网络上的其他地方找到了这个诱人的线索：
system("./JavaApplicationStub directory file[i] -batch zmacro")
但我不确定如何实现这一点（我的宏已经使用了批处理，因此该部分是不必要的）。