小编har*_*rsh的帖子

您好:我希望通过awk,perl或sed在以下文本之间仅修改一个分隔符

a,b,c,d,e,f,g,,,,k,l,m 

得到输出

a,b,c,d,e-f,g,,,,k,l,m

如何修改第n个分隔符？提前致谢

我在test.fa中有以下几行:

#test.fa
>1
AGAGGGAGCTG
CCTCAGGGCTG
CACTCAGGAAA
TTGGGGCGCTG
AGCATGGGGGG
CAGGAGGGGCC

我需要忽略以">"开头的行,并将以下行连接成一个单独的字符串.但是,以下脚本不仅会跳过包含">"的行,而且会在连接其余行之前跳过下一行.

#!/usr/bin/env python
import sys
import re
string = ""
with open("test.fa","rt") as f:
       for line in f:
           if re.match(">",line):
              line = f.next()
           else:
              line = line.rstrip("\n")
              string = string + line
print (string)

任何人都可以帮助修复脚本,或建议更好的方法吗？谢谢 !!