小编RB8*_*B88的帖子

我正在使用rarecurve(vegan)为九个样本生成稀疏曲线,但我希望它们以三个为一组进行着色.

参数rarecurve是:

rarecurve(x, step = 1, sample, xlab = "Sample Size", ylab = "Species", label = TRUE, ...)

...通过对"情节" 的过时论证.但是,当我用省略号替换省略号时col=c(rep("blue",3), rep("red",3), rep("darkgreen",3)),所有行都显示为蓝色.如何单独为线条着色？

计算每个图表需要将近三个小时,因此试错测试有点费力!

这可能是一个简单的,但我试图在我的PCoA图上绘制椭圆形.

我的数据框(sc)是:

             MDS1        MDS2 Treatment
X1xF1 -0.19736183 -0.24299825   1xFlood
X1xF2 -0.17409568 -0.29727596   1xFlood
X1xF3 -0.15272444 -0.28553837   1xFlood
S1    -0.06643271  0.47049959     Start
S2    -0.15143350  0.31152966     Start
S3    -0.26156297  0.12296849     Start
X3xF1  0.29840827  0.04581617  3xFloods
X3xF2  0.50503749 -0.07011503  3xFloods
X3xF3  0.20016537 -0.05488630  3xFloods

我的代码是:

ggplot(data=sc,(aes(x=MDS1,y=MDS2,colour = Treatment)))+geom_point(size=3)+
  ggtitle("PCoA of samples at 'class' level(method='Bray')\n",sep=''))+
  theme_bw()+guides(colour = guide_legend(override.aes = list(size=3)))+
  stat_ellipse()

它将PCoA绘制好直到stat_ellipse().我已经尝试了各种参数,充其量我可以为整个情节得到一个椭圆(虽然我现在似乎无法重现).

我所追求的是三种治疗的三个CI椭圆,颜色与治疗相同.任何帮助将非常感谢!

谢谢.