小编Ahd*_*dee的帖子

您好，有没有办法增加每个注释的标签字体大小？我尝试使用 gpar 设置字体大小，但似乎没有影响它。例如使用小插图中的示例。

    ha = HeatmapAnnotation(foo = anno_barplot(matrix(nc = 2, c(1:10, 10:1))) 
, gp = gpar(fontsize=20)  )

我本质上想要的是用字体大小 20 标记 foo

我有一个包含operator模块元素的数组.我尝试用JSON存储它,但是得到了以下错误信息.

import operator as op
import json
array = [1,op.ge]
json_encoded = json.dumps(array)
f = open("test.json","w")
f.write(json_encoded)
f.close()

TypeError: <built-in function ge> is not JSON serializable

是否有解决方法或其他方式来存储它？

嗨,我想知道Perl是否有类似于Rstudio的东西？这是运行命令的能力,将所有变量保留在内存中而不退出脚本.

例如,假设我执行此命令my $temp = 83;然后不是结束脚本而是更改值$temp = 22; print "$temp \n";,依此类推,但我不会结束脚本并继续处理它.在处理大型数据集和一般工作流程时,这将非常有用.我遇到的最接近的是使用插件的Visual Studio Code,我可以在我的脚本中执行特定的代码块.但是我没有找到一种方法将变量持久保存在内存中.
谢谢!

嗨,我正在使用R和R工作室.有没有办法让我的R降价文件列出文件末尾的所有包及其受尊重的版本？谢谢!例如,

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title: "test"
output: pdf_document
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## R Markdown

```{r cars}
library(ggplot2)
library(gplots)
summary(cars)
```

嗨假设我有这样的数据帧.

id     gene    value      upper    lower
AE5    ATM 4.046142  0.5440875 5.941381
AE5    ATR 3.463361  1.5046214 4.867110
AE5  BRCA1 4.228049 -0.7397759 5.791135
AE5  CDK12 4.488001  1.6029831 6.106177
AE5 CDKN1A 4.837943  2.1936042 9.880194
AE6    ATM 3.629939  0.5440875 5.941381
AE6    ATR 3.121015  1.5046214 4.867110
AE6  BRCA1 4.368070 -0.7397759 5.791135
AE6  CDK12 4.759688  1.6029831 6.106177
AE6 CDKN1A 5.757290  2.1936042 9.880194

我可以用ggplot绘制这个

ggplot(final , aes(y=gene, x=value, col=id)) +
  geom_point(size=5)

它让我在这里得到这个情节.

然而,我想要的是根据数据帧的上下列为每个组设置边界线.因此,例如ATM将具有在.54和5.9上交叉的小垂直线.通过这种方式,我可以更好地想象每个样品落地的位置.提前致谢!

如果您事先知道哪些列可用，则以下代码可以重新排列列，但是如果想要按降序/升序重新排列列怎么办？StackOverflow 上有一些类似的帖子，但没有一个可以在不知道哪些列可用的情况下做到这一点。

  type value
1  rna     1
2  rna     2
3  rna     3
4  dna    20
5  dna    30


d<- data.frame (type=c("rna","rna","rna"), value = c(1,2,3) )
d2 <- data.frame (type=c("dna","dna"), value = c(20,30) )
df <- rbind (d,d2)


library(dplyr)
df %>%
    group_by(type) %>%
    summarise_all(sum) %>%
    data.frame() %>%
    arrange(desc(value)) %>% # reorder row  
    select_(.dots = c("value","type") ) # reorder column

您好，我正在使用 ComplexHeatmap 包并遵循他们的小插图，但由于某种原因，我似乎无法强制图例变为水平。例如，这里是一个例子，

set.seed(123)
library(ComplexHeatmap)
mat = matrix(rnorm(80, 2), 8, 10)
mat = rbind(mat, matrix(rnorm(40, -2), 4, 10))
rownames(mat) = paste0("R", 1:12)
colnames(mat) = paste0("C", 1:10)

ha_column = HeatmapAnnotation(df = data.frame(type1 = c(rep("a", 5), rep("b", 5))),
                              col = list(type1 = c("a" =  "red", "b" = "blue")), 
                              annotation_legend_param = list(type1 = list( 
                                            title_gp = gpar(fontsize = 16), 
                                            legend_direction = "horizontal", labels_gp = gpar(fontsize = 8)))
                              )



ht1 = Heatmap(mat, name = "ht1", column_title = "Heatmap 1", top_annotation = ha_column)
draw(ht1, heatmap_legend_side …

说我有两个data.frames,

df = data.frame(gene = c("KRAS", "FOS"), A6 = c(20, 50), A7 = c(90, 80))
df2 = data.frame(gene = c("KRAS", "FOS"), A6 = c(20, 250) )

这里A6重复,当我试图合并这两个dataframes,使用merge(df, df2, by = "gene")),并将其与创建新列A6.x和A6.y.

有没有办法让它合并,而不是采取重复的列的平均值？谢谢!

我有一个 df 其中value指示 a 的状态drug：

g1 = data.frame ( 
    drug = c('a','a','a','d','d'),
    value = c('fda','trial','case','case','pre')
)

drug value
1    a   fda
2    a trial
3    a  case
4    d  case
5    d   pre

drug因此，对于药物，我想根据以下优先级顺序替换任何重复value：

fda > trial > case > pre 

例如，如果药物 d 既是“病例”又是“前”，则 d 的所有发生率都将被重新分类为“病例”。决赛桌应该是这样的。

  drug value
1    a   fda
2    a   fda
3    a   fda
4    d  case
5    d  case

如何做到这一点，而不必循环遍历每种药物并首先找出优先级然后进行替换？

例如，

ggplot(mpg, aes(class, hwy)) + geom_boxplot(
                 outlier.colour = "black",
                 outlier.shape = 24,
                 outlier.fill = "red",
                 outlier.size = 3
) 

根据示例，我知道对于紧凑级而言，所有离群值都来自大众或丰田

mpg[mpg$class == "compact" & mpg$hwy > 35, ]

这样，不是要把所有离群值都标记为红色，我只想让离群值由制造商进行颜色编码？我可以吗？我尝试了类似的方法，outlier.fill = factor ( mpg$manufacturer)但是失败了。

编辑：这不是ggplot2中Coloring boxplot异常点的重复吗？因为我真正需要的是与第一种颜色相反的颜色，而不仅仅是第二种颜色，所以我不想匹配美观的颜色。