小编Lip*_*ppy的帖子

我正在使用gplot生成热图,显示治疗组与配对对照的log2倍变化.使用以下代码:

 heatmap.2(as.matrix(SeqCountTable), col=redgreen(75), 
           density.info="none", trace="none", dendrogram=c("row"), 
            symm=F,symkey=T,symbreaks=T, scale="none") 

我输出了一张真实倍数变化值(即非Row-Z得分)的热图,这是我所追求的,是每个生物学家最喜欢的红黑绿配色方案!

log2倍变化的实际范围是-3/+ 7,其中许多值在-2/-1和+ 1/+ 2范围内,分别显示为深红色/绿色(分别).这使整个热图非常暗,难以解释.

• 有没有办法扭曲颜色渐变,使其线性变小？也就是说,在较小的范围内发生从黑色到非常明亮的梯度？
• 和/或改变颜色范围是不对称的,即从-3/+ 7开始,如数据那样,而不是当前比例为-7/+ 7,黑色仍然以零为中心？