小编Dan*_*Cee的帖子
R ggplot2箱图-ggpubr stat_compare_means无法正常工作
我试图显着性水平加入到我的箱线图中使用星号形式GGPLOT2和ggpubr包，但我有很多的比较，我只想展现显著的。
我尝试在stat_compare_means中使用选项hide.ns = TRUE，但显然不起作用，这可能是ggpubr软件包中的错误。
此外，您还可以从成对的wilcox.test比较中忽略 “ PGMC4”组；我怎样才能把这个小组也留给kruskal.test呢？
我有的最后一个问题是重要性水平如何工作？如*显着低于0.05，**低于0.025，***低于0.01？ggpubr使用的约定是什么？它显示的是p值还是调整后的p值？如果是后者，调整方法是什么？BH？
##############################
##MWE
set.seed(5)
#test df
mydf <- data.frame(ID=paste(sample(LETTERS, 163, replace=TRUE), sample(1:1000, 163, replace=FALSE), sep=''),
Group=c(rep('C',10),rep('FH',10),rep('I',19),rep('IF',42),rep('NA',14),rep('NF',42),rep('NI',15),rep('NS',10),rep('PGMC4',1)),
Value=rnorm(n=163))
#I don't want to compare PGMC4 cause I have only onw sample
groups <- as.character(unique(mydf$Group[which(mydf$Group!="PGMC4")]))
#function to make combinations of groups without repeating pairs, and avoiding self-combinations
expand.grid.unique <- function(x, y, …推荐指数
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R ggplot2：具有wilcoxon显着性水平和构面的箱线图。仅显示与星号的重大比较
为了完整起见，针对这个问题，我修改了可接受的答案并定制了结果图，但我仍然面临一些重要问题。
总而言之，我正在做箱形图，以反映Kruskal-Wallis和成对的Wilcoxon测试比较的重要性。
我想将P值数字替换为星号，并仅显示重要的比较，从而将垂直间距减小到最大值。
基本上，我想做这个，但面的补充问题，即混乱的一切行动。
到目前为止，我已经开发了一个非常不错的MWE，但是它仍然显示出问题...
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(gridExtra)
library(tidyverse)
library(data.table)
library(ggsignif)
library(RColorBrewer)
data(iris)
iris$treatment <- rep(c("A","B"), length(iris$Species)/2)
mydf <- melt(iris, measure.vars=names(iris)[1:4])
mydf$treatment <- as.factor(mydf$treatment)
mydf$variable <- factor(mydf$variable, levels=sort(levels(mydf$variable)))
mydf$both <- factor(paste(mydf$treatment, mydf$variable), levels=(unique(paste(mydf$treatment, mydf$variable))))
# Change data to reduce number of statistically significant differences
set.seed(2)
mydf <- mydf %>% mutate(value=rnorm(nrow(mydf)))
##
##FIRST TEST BOTH
#Kruskal-Wallis
addkw <- as.data.frame(mydf %>% group_by(Species) %>%
summarize(p.value = kruskal.test(value ~ both)$p.value))
#addkw$p.adjust <- p.adjust(addkw$p.value, "BH")
a <- combn(levels(mydf$both), 2, simplify = …推荐指数
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ggplot2:绘制2个变量(线和点)并对齐2个图
我最近开始使用ggplot2但是我发现了很多困难......此时我只想将2个不同的变量绘制成一个带点和线的图(类型=两者都在绘图函数中),并得到这个结果图在共享相同x轴的直方图上方放置并对齐.
所以我有这个data.frame:
GO.df <- data.frame(GO.ID=paste("GO",c(1:29),sep=""),
occ=c(1:29),
pv=c(5.379594e-05, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 3.052953e-03, 6.096906e-03, 6.096906e-03, 6.096906e-03, 6.096906e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 9.131884e-03, 1.215791e-02, 1.215791e-02, 1.215791e-02, 1.517502e-02, 1.517502e-02, 1.517502e-02, 1.517502e-02, 1.818323e-02, 1.818323e-02, 1.818323e-02),
adj.pv=c(0.004088492, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.029003053, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.036527537, 0.042000065, 0.042000065, 0.042000065, 0.044357749, 0.044357749, 0.044357749, 0.044357749, 0.047652596, 0.047652596, 0.047652596))
并想重现这个:
plot(GO.df$pv, type="b", col="red", ylim=c(0,0.05),ylab="",xlab="",xaxt="n")
lines(GO.df$adj.pv, type="b", col="blue")
axis(1, at=c(1:length(GO.df$GO.ID)), labels=GO.df$GO.ID, las=2)
在直方图上方(变量"occ")并与之对齐.这是我到目前为止ggplot2:
#install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
#install.packages("reshape") …推荐指数
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ggplot2：在不同的方面使用不同的颜色
我有一个似乎是一个非常基本的问题，但我无法解决它，因为我几乎没有使用过 ggplots2 ...我只想左边的图使用变量 color1 中的颜色，右边的图使用变量 color1 中的颜色变量 color2 中的颜色。这是一个 MWE：
library(reshape2)
library(ggplot2)
a.df <- data.frame(
id=c("a","b","c","d","e","f","g","h"),
var1=c(1,2,3,4,5,6,7,8), var2=c(21,22,23,24,25,26,27,28),
var3=c(56,57,58,59,60,61,62,63),
color1=c(1,2,"NONE","NONE",1,2,2,1),
color2=c(1,"NONE",1,1,2,2,"NONE",2)
)
a.dfm <- melt(a.df, measure.vars=c("var2","var3"))
ggplot(a.dfm, aes(x=value, y=var1, color=color1)) +
geom_point(shape=1) +
facet_grid(. ~ variable)
多谢！
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CRAN/Bioconductor包安装失败:错误:行开始'<!DOCTYPE HTML PUBLI ...'格式错误
我刚刚安装了一个新的Ubuntu 14.04并按照此链接和另一个的说明安装了R ,就像我一直选择伯克利镜像一样.
在emacs(+ ess)上,我根本无法安装任何CRAN或Bioconductor包,例如:
install.packages("ggplot2")
要么:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("biomaRt")
我不断收到以下错误:
Error: Line starting '<!DOCTYPE HTML PUBLI ...' is malformed!
继这个其他线程之后,我只是等着看问题是否自己解决了,但是在2天后我一直得到同样的错误.有什么建议??
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R ggplot2 - 在一个方面中对每对执行成对测试，并使用 ggsignif 显示 p 值
继我几天前发布的这个问题之后，我想执行类似的操作。
给定以下 MWE：
##############################
##MWE
library(ggplot2)
library(ggsignif)
set.seed(1)
alpha.subA <- data.frame(Sample.ID=paste(sample(LETTERS, 163, replace=TRUE), sample(1:1000, 163, replace=FALSE), sep=''),
Group=c(rep('C',10),rep('FH',10),rep('I',19),rep('IF',42),rep('NA',14),rep('NF',42),rep('NI',15),rep('NS',10),rep('PGMC4',1)),
Value=rnorm(n=163))
alpha.subA$DB <- "DATABASE1"
set.seed(2)
alpha.subB <- data.frame(Sample.ID=paste(sample(LETTERS, 163, replace=TRUE), sample(1:1000, 163, replace=FALSE), sep=''),
Group=c(rep('C',10),rep('FH',10),rep('I',19),rep('IF',42),rep('NA',14),rep('NF',42),rep('NI',15),rep('NS',10),rep('PGMC4',1)),
Value=rnorm(n=163))
alpha.subB$DB <- "DATABASE2"
alpha.sub <- rbind(alpha.subA, alpha.subB)
alpha.sub$DB <- as.factor(alpha.sub$DB)
alpha.sub$both <- factor(paste(alpha.sub$Group, alpha.sub$DB), levels=paste(rep(levels(alpha.sub$Group), each=length(levels(alpha.sub$DB))), rep(levels(alpha.sub$DB), length(levels(alpha.sub$Group)))))
png(filename="test.png", height=1000, width=2000)
print(#or ggsave()
ggplot(alpha.sub, aes(x=both, y=Value, fill=Group)) + geom_boxplot() +
facet_grid(~Group, scales="free", space="free_x") +
stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=5, size=4)
# + geom_signif() ##HOW TO TEST EACH …推荐指数
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R: Reliable conversion between gtable and ggplot objects. How to make lemon::reposition_legend() work after ggplot_build()?
I have a pretty complicated case at hand with ggplot2. I tried to exemplify it with a MWE using iris data below.
I just have boxplots in facets, and wanted to move the legend to take the space of the empty facets.
This is all good, I use lemon::reposition_legend() for that and it works.
However, I then have to modify a bunch of things in the plot (namely add significant test results and other things that are not relevant …
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awk：更改字段分隔符，保持第一列不变
我有一个in.csv只有一列的文件以这种方式：
Sample
a_b_c
d_e_f
g_h_i
我想将字段分隔符从 to 更改_为,并打印单独的字段，但将输入列保持在输出文件的第一列中。我想awk原则上使用。
这是我到目前为止：
awk 'BEGIN {FS="_";OFS=","} {$1=$1}1' in.csv > out.csv
这给了我这个
Sample
a,b,c
d,e,f
g,h,i
我怎样才能像这样输出它，保留原始列（重命名ID）？
ID,group1,group2,group3
a_b_c,a,b,c
d_e_f,d,e,f
g_h_i,g,h,i
请注意，输入的字段数是可变的，输入Sample行可能是其他名称，或者为空，甚至不存在，但我仍然希望这样的输出......
编辑
检查所有答案后，我必须在这里澄清上面的输入文件只是一个例子......我的真实文件通常有超过3个字段_（但我事先不知道有多少）和无数行分隔，但是我将尝试确保给定文件中的所有行在要“拆分”的字段数上保持一致。
当我的文件每行要拆分的字段多于或少于 3 个时，下面的答案似乎不起作用，如果可能的话，我需要一个更通用的单行。
目前，为了简单起见，我宁愿不对标题行做任何事情并保持原样。
这意味着对于另一个示例：
Some_header
a_b_c_1
d_e_f_2
g_h_i_3
我想获得这个：
Some_header
a_b_c_1,a,b,c,1
d_e_f_2,d,e,f,2
g_h_i_3,g,h,i,3
最佳情况下，单行应该处理存在字段不一致的行的情况，因此从这样的文件中：
Some_header
a_b_c
d_e_f_2
g_h_i_3_4
我想获得这个：
Some_header
a_b_c,a,b,c
d_e_f_2,d,e,f,2
g_h_i_3_4,g,h,i,3,4
有没有办法用_in 变量记录行，然后将变量拆分为_，然后打印变量及其所有组件，并由 分隔,？对不起，我认为这会更容易……也许单线会更容易Perl？对不起，对单线不够精通……再次感谢！
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R：ggplot2 - 每个方面的 Kruskal-Wallis 测试
我有多个方面的箱线图，我想在每个方面执行 Kruskal-Wallis 测试，并将结果放在每个相应方面的左上角。
为了举例说明这一点，我使用了 iris 数据集，并向其中添加了一个名为“treatment”的附加变量。
微量元素：
library(reshape2)
library(ggplot2)
data(iris)
iris$treatment <- rep(c("A","B"), length(iris$Species)/2)
mydf <- melt(iris, measure.vars=names(iris)[1:4])
mydf$treatment <- as.factor(mydf$treatment)
mydf$variable <- factor(mydf$variable, levels=sort(levels(mydf$variable)))
ggplot(mydf,aes(x=variable, y=value)) +
geom_boxplot(aes(fill=Species)) +
facet_grid(treatment~Species, scales="free", space="free_x") +
geom_text(label=paste("Kruskal-Wallis, p=", with(mydf, kruskal.test(value ~ variable)$p.value)))
以上是我最好的尝试，它产生了以下结果。
这显然是错误的。
我希望跨度量（Petal.Length、Petal.Width、Sepal.Length、Sepal.Width）的 Kruskal-Wallis 测试结果显示在每个面的左上角。
每个数据子集应该执行 6 次测试（根据处理和物种），所以我猜应该调整 p.value（最好由 Benjamini-Hochberg 调整）。
如果可能的话，如果每个结果 p.value 可以四舍五入到小数点后两位，那就太好了。如果可能的话，我宁愿避免使用 ggpubr，因为我在使用它时遇到问题，并坚持使用 geom_text()。谢谢！
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R XLConnect：loadWorkbook 警告 - “发生了非法反射访问操作”
我正在使用 XLConnect 读取 R（版本 3.4.4）中的 xlsx 文件，但收到以下警告。我认为它们可能与Java有关，但我不是Java用户，我不知道如何让它们消失。谢谢！
MWE 与任何 xlsx 文件：
library(XLConnect)
infile <- 'any.xlsx'
wb <- loadWorkbook(infile)
mydf <- readWorksheet(wb, sheet=1, region='A1:AS91', header=TRUE, check.names=FALSE, useCachedValues=TRUE)
警告：
WARNING: An illegal reflective access operation has occurred
WARNING: Illegal reflective access by org.apache.poi.openxml4j.util.ZipSecureFile$1 (file:/usr/local/lib/R/site-library/XLConnect/java/poi-ooxml-3.17.jar) to field java.io.FilterInputStream.in
WARNING: Please consider reporting this to the maintainers of org.apache.poi.openxml4j.util.ZipSecureFile$1
WARNING: Use --illegal-access=warn to enable warnings of further illegal reflective access operations
WARNING: All illegal access operations will be denied in a future release
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