小编use*_*330的帖子

我花了一个星期用knitr写了一个R小插图,在R Markdown中输入,用HTML输出.以前我写的所有小插曲都是带有PDF目标的Sweave.

我想念的其中一件事是Synctex,它能够从PDF预览跳回到文件中的相应行.据我所知,knitr在生成LaTeX输出时支持这一点(我认为使用与Sweave相同的方案),但在生成HTML输出时则不支持.

我知道HTML Mark的R Markdown是通过pandoc进行的,所以我检查了pandoc文档,但是在那里找不到任何关于Synctex的内容.

所以我的问题是:

1. 是否有任何支持Synctex的HTML浏览器可以从编辑器进行正向和反向搜索？(由于RStudio有自己的内置浏览器,它可能会这样做...)

2. pandoc是否支持任何类似Sweave的方案,用于将HTML文件中的输出位置与.md输入中的输入位置相关联？

在构建一个简单的测试包以隔离此问题后,我在运行时收到以下警告Rcmd.exe INSTALL --nomultiarch --with-keep.source simpleTest:

* installing to library 'C:/Users/user/Documents/R-dev'
* installing *source* package 'simpleTest' ...
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
  converting help for package 'simpleTest'
    finding HTML links ...    hello                                   html  
Rd warning: C:/user/RPackages/simpleTest/man/hello.Rd:11: missing file link 'transmute'
 done
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (simpleTest)

当您链接到指向不同名称的Rd文件的函数时,会发生此问题.举例来说,在我的SimpleTest的包,文档链接到两个dplyr::mutate()和dplyr::transmute(),这两者都记录在mutate.Rd文件.前一个链接不会导致Rd警告,而后者则会.但是,当您查看当前包的帮助页面时,这两个链接都有效.

simpleTest包的.R文件包含在下面.我运行devtools::document()然后在骨架包目录中构建包.

hello.R

#' print hello
#'
#' …

我想使用plot3d()(rgl)绘制具有3维的MDS分析的结果.数据和代码如下所示:

   threedim$points
              [,1]        [,2]      [,3]        [,4]
   Dutch      -6.45931417  -2.1589222 -5.829244  -0.4891066
   German     -7.27770201   0.2666916 -2.198595   6.8658602
   Albanian    4.11799731   0.6810336 11.356935  -2.2623921
   Armenian   13.58431670  21.6527626 -2.245146   6.3506665
   French     -0.24170759  -0.8579159 14.197611  -0.1871443

   threedim$points[,1] -> x
   threedim$points[,2] -> y
   threedim$points[,3] -> z
   library(rgl)
   plot3d(x,y,z)
   text(c("Dutch","German","Albanian","Armenian","French"))

我收到以下错误消息:

"警告信息:在xy.coords(x,y,recycle = TRUE):由强制引入的NAs"

我究竟做错了什么？

我正在尝试将 spark 数据帧转换org.apache.spark.sql.DataFrame为 sparklyr 表tbl_spark。我尝试过sdf_register，但失败并出现以下错误。

在这里， df 是火花数据帧。

sdf_register(df, name = "my_tbl")

错误是，

Error: org.apache.spark.sql.AnalysisException: Table not found: my_tbl; line 2 pos 17
at org.apache.spark.sql.catalyst.analysis.package$AnalysisErrorAt.failAnalysis(package.scala:42)
at org.apache.spark.sql.catalyst.analysis.Analyzer$ResolveRelations$.getTable(Analyzer.scala:306)
at org.apache.spark.sql.catalyst.analysis.Analyzer$ResolveRelations$$anonfun$apply$9.applyOrElse(Analyzer.scala:315)
at org.apache.spark.sql.catalyst.analysis.Analyzer$ResolveRelations$$anonfun$apply$9.applyOrElse(Analyzer.scala:310)
at org.apache.spark.sql.catalyst.plans.logical.LogicalPlan$$anonfun$resolveOperators$1.apply(LogicalPlan.scala:57)
at org.apache.spark.sql.catalyst.plans.logical.LogicalPlan$$anonfun$resolveOperators$1.apply(LogicalPlan.scala:57)
at org.apache.spark.sql.catalyst.trees.CurrentOrigin$.withOrigin(TreeNode.scala:69)
at org.apache.spark.sql.catalyst.plans.logical.LogicalPlan.resolveOperators(LogicalPlan.scala:56)
at org.apache.spark.sql.catalyst.plans.logical.LogicalPlan$$anonfun$1.apply(LogicalPlan.scala:54)
at org.apache.spark.sql.catalyst.plans.logical.LogicalPlan$$anonfun$1.apply(LogicalPlan.scala:54)
at org.apache.spark.sql.catalyst.trees.TreeNode$$anonfun$4.apply(TreeNode.scala:281)
at scala.collection.Iterator$$anon$11.next(Iterator.scala:328)
at scala.collection.Iterator$class.foreach(Iterator.scala:727)

我错过了什么吗？或者有没有更好的方法将其转换为tbl_spark？

谢谢！

我正在尝试将复选框放入 DT 表并收集有关已选中行的信息。
我的代码如下

shinyApp(
  ui = fluidPage(
    fluidRow(
      verbatimTextOutput("value1"),
      column(12,
             DT::dataTableOutput('table'),  tags$script(HTML('$(document).on("click", "input", function () {
                       var checkboxes = document.getElementsByName("selected");
                       var checkboxesChecked = [];
                       for (var i=0; i<checkboxes.length; i++) {
                       if (checkboxes[i].checked) {
                       checkboxesChecked.push(checkboxes[i].value);
                      }
                      }
                     Shiny.onInputChange("checked_rows",checkboxesChecked);  })'))
      ))),
  server = function(input, output) {
    library(DT)
    library(glue)
    output$value1 <- renderPrint({ input$checked_rows }) 

    output$table <- DT::renderDataTable({
      iris$checked<-''
      iris$checked[2:5]<-'checked=\"checked\"'
      iris[["Select"]]<-glue::glue('<input type="checkbox" name="selected" {iris$checked} value="{1:nrow(iris)}"><br>')
      datatable(iris,escape=F,rownames=F,  class = 'cell-border compact', 
                options=list(ordering=T,autowidth=F,scrollX = TRUE,
                columnDefs = list(list(className = 'dt-center', targets = "_all"))
                ),
                selection="none" …

如果我有 .PNG 文件，是否有一种简单的方法可以在 RStudio 查看器窗格中显示它？

使用这个答案/sf/answers/652354601/我可以使用以下命令在绘图窗格中显示它

library(png)
filename <- system.file("img", "Rlogo.png", package="png")  # or your own file
img <- readPNG(filename)
grid::grid.raster(img)

将其放入查看器窗格的一种复杂方法是​​：

temp <- tempfile(fileext = ".html")
writeLines(as.character(htmltools::img(src=knitr::image_uri(filename))), temp)
getOption("viewer")(temp)

但有没有更简单的方法呢？例如，某个包中是否有一个现有函数可以在一次调用中执行此操作，例如

showPNG(filename)

？我可以在这样的函数中编写我的代码，但我更喜欢使用其他人已经过测试的代码，并且可能可以在更广泛的环境中工作，而不仅仅是 RStudio 等。

编辑添加：我一直在仔细研究我接受的答案（因为我想避免依赖于包magick），并发现了一些令我惊讶的事情： if filenameis "preview.png"，then getOption("viewer")(filename)will do the display in the Viewer Pane。 magick::image_read很灵活，可以处理许多其他情况，但对我来说基本上只是复制和重命名文件！

我试图在R上运行包"geomorph".我知道我需要安装包"rgl"和"geomorph"以及以下(分别)来执行此操作:

install.packages("rgl")

然后我:

require("rgl")

但是出现以下错误:

> require("rgl")
Loading required package: rgl
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rgl', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rgl/libs/rgl.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rgl/libs/rgl.so, 6): Library not loaded: /opt/X11/lib/libGLU.1.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rgl/libs/rgl.so
  Reason: image not found

请帮忙.可能是因为我在OS X Yosemite上运行R？我读到Yosemite目前存在一个错误或功能,导致R用户出错.

下面的文档运行 sql 并显示结果。我不希望通过不运行块或隐藏输出来显示任何输出。

有没有办法做到这一点？

---
output: html_document
---

## Hide SQL Output

First, set up a temporary database:

```{r}
library(RSQLite)
conn <- dbConnect(SQLite(), tempfile())
df <- data.frame(value = runif(1))
dbWriteTable(conn, "TestTable", df)
```

Now show a query, but try not to run it, and try
to hide the output.  Neither works:  it runs, and 
displays the table.

```{sql connection = conn,results="hide",eval=FALSE}
SELECT * FROM TestTable;
```

我得到这个输出：

我想知道使用 Spark 函数的逻辑回归模型的每个系数的显着性ml_logistic_regression。代码如下：

# data in R
library(MASS)
data(birthwt) 
str(birthwt)
detach("package:MASS", unload=TRUE)

# Connection to Spark
library(sparklyr)
library(dplyr)
sc = spark_connect(master = "local")

# copy the data to Spark
birth_sc = copy_to(sc, birthwt, "birth_sc", overwrite = TRUE)

# Model
# create dummy variables for race (race_1, race_2, race_3)
birth_sc = ml_create_dummy_variables(birth_sc, "race")
model = ml_logistic_regression(birth_sc, low ~ lwt + race_2 + race_3)

我得到的模型如下：

> model
Call: low ~ lwt + race_2 + race_3

Coefficients:
(Intercept)         lwt      race_2      race_3 …

我有一个简单的 RMarkdown 文档，以 pdf 格式导出，其中包含一个只有 2 列的 kablextra 表（参见图片）。我试图将两列的背景设置为蓝色阴影，其中高值用较深的颜色表示，低值用较浅的颜色表示。值的顺序不能更改，因为它们代表月度数字。当我尝试寻找解决方案时，我设法让列具有一些背景颜色（见图）。

library(kableExtra)
library(paletteer)
library(tidyverse)

#two vectors

column_1<-c(144, 189, 213, 231, 229, 235, 216, 221, 221, 200, 204, 236)
column_2<-c(83.7, 92.5, 87.6, 88.2, 80.5, 72.6, 66.7, 71.9, 66.7, 58.2, 72.1, 72.7)


#create dataframe
activity<-data.frame (column_1, column_2)

#create kableextra summary table 

kbl(activity, booktabs = T, linesep = "",  col.names = linebreak(c("Column 1", "Column 2")), align = "c", caption = "Summary Table") %>%
  kable_styling(full_width = F) %>%
  kable_styling(font_size = 12, position = "center") %>% 
  kable_styling(latex_options …