小编Jay*_*Jay的帖子

我一直在使用Limma包中的makeContrasts函数来创建对比,我理解如何进行简单的对比,例如将每个治疗与控件独立比较或比较两种治疗方法:

makeContrasts(A_vs_Ctrl = "A - Control", B_vs_Ctrl = "B - Control",
              C_vs_Ctrl = "C - Control", A_vs_B = "A - B",
              levels = c("Control", "A", "B", "C"))

          Contrasts
Levels      A_vs_Ctrl  B_vs_Ctrl  C_vs_Ctrl  A_vs_B
  Control        -1        -1        -1        0
  A               1         0         0        1
  B               0         1         0       -1
  C               0         0         1        0

我的问题是,当每种治疗方法被认为是相对于对照时,如何对两种治疗方法之间的对比进行编码？例如,我想确定何时A_vs_Ctrl和之间存在差异B_vs_Ctrl; 这个想法是,这将表明治疗A和治疗何时以不同的方式而不是以相同的方式B与Control病症不同.我对此的尝试如下,但我不认为这是正确的,我无法理解如何在对比中正确编码这个假设.

makeContrasts(AvsCtrl_VS_BvsCtrl = "(A - Control)/2 - (B - Control)/2",levels=c( "Control","A","B","C"))

 Contrasts
Levels    AvsCtrl_VS_BvsCtrl
  Control                0.0 …

我有一个多变量纵向样本，我正在一个大的 facet_grid 中绘制，特别是使用 facet_grid，这样当我没有某个样本的某个时间点时，它仍然将所有内容保存在一个有序的网格中。我正在尝试向空构面添加某种指标，以表明它们没有数据（而不仅仅是没有点显示），因为有时空构面是尚未收集该样本的结果。我能够得到的是一个标签，它出现在有数据的每个方面，但我似乎无法弄清楚如何获得一个出现在没有数据的每个方面的标签。如果我可以通过选择的方面添加一个红色的 X，或者其他一些“无可用数据”的指示，而不是文本标签，如果您对此也有建议，那就更好了。

ggplot(mpg, aes(displ, cty)) + geom_point() + 
facet_grid(vars(drv), vars(cyl)) + geom_text(x = 5, y = 20, label = "Blah")