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使用 ROCR 包的精确召回曲线的 AUC

如何使用包 ROCR.. 获得精确召回曲线的 AUC(曲线下面积)?

library(ROCR)
data(ROCR.simple)
pred <- prediction( ROCR.simple$predictions, ROCR.simple$labels)
perf <- performance(pred,"tpr","fpr")
plot(perf)
## precision/recall curve (x-axis: recall, y-axis: precision)
perf1 <- performance(pred, "prec", "rec")
plot(perf1)
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r auc precision-recall

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在df行中追加值

我在dataframe(df)中有一个列,我想要追加值(不是常量,而是变量).一个例子将使它更清楚:

> df
     geneID Sample.290
1         1  0.4018499
2        10  0.2694255
3       100  1.4441846
4      1000 13.7652753
5     10000  2.1552100
6 100008586  0.2358481
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我想追加字符"ENSG"和多个"000",这样每个值的总长度将为15(包括ENSG).例如,输出应该是:

         geneID           Sample.290
1        ENSG00000000001  0.4018499
2        ENSG00000000010  0.2694255
3        ENSG00000000100  1.4441846
4        ENSG00000001000 13.7652753
5        ENSG00000010000  2.1552100
6        ENSG00100008586  0.2358481
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r append dataframe

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在unix中根据大小和模式分割大文件

我有一个巨大的文件,45 GB。我想把它分成4部分。我可以通过以下方式做到这一点split --bytes=12G inputfile

问题是它扰乱了文件的模式。此拆分根据大小剪切文件,因此不会保留格式。我的输入文件如下所示:

Inspecting sequence ID   chr1:11873-13873

 V$ARID3A_04            |     1981 (-) |  0.899 |  0.774 | tttctatAATAActaaa
 V$ARID3A_04            |     1982 (+) |  0.899 |  0.767 | ttctaTAATAactaaag
Inspecting sequence ID   chr1:11873-13873

 V$ARID3A_04            |     1981 (-) |  0.899 |  0.774 | tttctatAATAActaaa
 V$ARID3A_04            |     1982 (+) |  0.899 |  0.767 | ttctaTAATAactaaag
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我想分割文件,但也要提到分割它的模式,Inspecting以便我返回的分割文件必须如下所示:

Inspecting sequence ID   chr1:11873-13873

 V$ARID3A_04            |     1981 (-) |  0.899 |  0.774 | tttctatAATAActaaa
 V$ARID3A_04            |     1982 (+) |  0.899 |  0.767 …
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linux split sed

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在不同的时间点舍入小数

我已经使用rnorm函数从标准正态分布生成了大小为100的样本.我想按照标准对数字进行舍入.如果number介于0和1之间,则将以1小数点舍入.例如

0.123 -> 0.1
0.456 -> 0.5
0.98 -> 1
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如果一个数字大于1,那么它将舍入为:

2.34 -> 2
4.98 -> 5
4.4 -> 4
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你能指导我怎么做吗?

r distribution rounding

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r ×3

append ×1

auc ×1

dataframe ×1

distribution ×1

linux ×1

precision-recall ×1

rounding ×1

sed ×1

split ×1