小编Chi*_*ick的帖子

我是非常非常新的UNIX编程(通过终端在MacOSX Mountain Lion上运行).我一直在学习生物信息学和分子方法课程的基础知识(我们有两个类),我们最终将使用perl和python进行数据管理.无论如何,我们的任务是编写一个shell脚本来从一组文件中获取数据,并将其写入一个可由特定程序(Migrate-N)读取的格式的新文件.

当我在命令行中键入它们时,我已经获得了许多功能来完全独立完成我的需要,但是当我将它们全部放在一个脚本中并尝试运行它时,我得到一个错误.以下是详细信息(我为长度道歉):

#! /bin/bash

grep -f Samples.NFCup.txt locus1.fasta > locus1.NFCup.txt
grep -f Samples.NFCup.txt locus2.fasta > locus2.NFCup.txt
grep -f Samples.NFCup.txt locus3.fasta > locus3.NFCup.txt
grep -f Samples.NFCup.txt locus4.fasta > locus4.NFCup.txt
grep -f Samples.NFCup.txt locus5.fasta > locus5.NFCup.txt
grep -f Samples.Salmon.txt locus1.fasta > locus1.Salmon.txt
grep -f Samples.Salmon.txt locus2.fasta > locus2.Salmon.txt
grep -f Samples.Salmon.txt locus3.fasta > locus3.Salmon.txt
grep -f Samples.Salmon.txt locus4.fasta > locus4.Salmon.txt
grep -f Samples.Salmon.txt locus5.fasta > locus5.Salmon.txt
grep -f Samples.Cascades.txt locus1.fasta > locus1.Cascades.txt
grep -f Samples.Cascades.txt locus2.fasta > locus2.Cascades.txt
grep -f …