小编Sch*_*Cat的帖子

我试图只从NCBI xml BLAST文件中提取第一个命中.接下来我想获得第一个HSP.在最后阶段,我想根据最高分获得这些.在这里清楚地说明xml文件的一个示例:

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dtd/NCBI_BlastOutput.dtd">
<BlastOutput>
  <BlastOutput_program>blastx</BlastOutput_program>
  <BlastOutput_version>blastx 2.2.22 [Sep-27-2009]</BlastOutput_version>
  <BlastOutput_reference>~Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, ~Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), ~&quot;Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search~programs&quot;,  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.</BlastOutput_reference>
  <BlastOutput_db>/Applications/blast/db/viral1.protein.faa</BlastOutput_db>
  <BlastOutput_query-ID>lcl|1_0</BlastOutput_query-ID>
  <BlastOutput_query-def>DSAD-090629_plate11A01a.g1 CHROMAT_FILE: DSAD-090629_plate11A01a.g1 PHD_FILE: DSAD-090629_plate11A01a.g1.phd.1 CHEM: term DYE: big TIME: Thu Sep 17 15:33:59 2009 TEMPLATE: DSAD-090629_plate11A01a DIRECTION: rev</BlastOutput_query-def>
  <BlastOutput_query-len>1024</BlastOutput_query-len>
  <BlastOutput_param>
    <Parameters>
      <Parameters_matrix>BLOSUM62</Parameters_matrix>
      <Parameters_expect>1e-05</Parameters_expect>
      <Parameters_gap-open>11</Parameters_gap-open>
      <Parameters_gap-extend>1</Parameters_gap-extend> …

大家好,我有以下熔融数据:

 X      variable       value    
1 StationA SAR11.cluster 0.001309292
2 StationB SAR11.cluster 0.002712237
3 StationC SAR11.cluster 0.002362708
4 StationD SAR11.cluster 0.002516751
5 StationE SAR11.cluster 0.004301075
6 StationF SAR11.cluster 0.0

.
.
.
etc.
etc.

我使用以下代码绘制数据的气泡图:

ggplot(foomelt, aes(x=foomelt$Station, y=variable, angle=45, size=(value))) + 
+geom_point() +  opts(theme_bw(), axis.text.x = theme_text(size=10, angle = 70)) 
+ scale_area()

一切都很好,除了我想忽略0(零)值并且仅用于比所有那些比零更大的点和最大值之间的点值缩放.我不想从数据中删除零值行,因为为了证明一个点,我希望包含所有的站和变量,并将具有零值的行留空.

我设法使用它忽略零值但缩放不起作用:

   ggplot(foomelt, aes(x=foomelt$Station, y=variable, angle=45, size=(value>0))) +
    + geom_point() +  opts(theme_bw(), axis.text.x = theme_text(size=10, angle = 70)) 
    + scale_area("Ratio") + scale_size_identity()

任何帮助将不胜感激.