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如何在 R 的 rfsrc 中指定公式

我有一个包含 10 个数字变量和一个因子的数据框 (train3)。

我想使用包中的rfsrc函数制作一个随机森林分类器 randomForestSRC

数据如下所示:

summary(train3)



roll_belt        pitch_belt          yaw_belt       total_accel_belt  gyros_belt_x        gyros_belt_y     
 Min.   :-28.90   Min.   :-55.8000   Min.   :-180.00   Min.   : 0.00    Min.   :-1.040000   Min.   :-0.64000  
 1st Qu.:  1.10   1st Qu.:  1.7600   1st Qu.: -88.30   1st Qu.: 3.00    1st Qu.:-0.030000   1st Qu.: 0.00000  
 Median :113.00   Median :  5.2800   Median : -13.00   Median :17.00    Median : 0.030000   Median : 0.02000  
 Mean   : 64.41   Mean   :  0.3053   Mean   : -11.21   Mean   :11.31    Mean   :-0.005592   Mean   : 0.03959  
 3rd …
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r

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ggplot:调整alpha/fill两个因子cdf

我有一些问题让我的ggplot alpha对我的情节来说足够黑暗.

示例代码:

ggplot(mtcars, aes(x=mpg, color=factor(gear), alpha=factor(carb))) + stat_ecdf()
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在此输入图像描述

如您所见,无论何时carb == 1,都很难看到情节元素.在我的真实世界数据集中,颜色因子有四个级别,而alpha因子有两个级别.我希望alpha的颜色略浅一些,但比那个例子中的颜色更明显.

alpha r ggplot2 cdf

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抑制打印到屏幕的平稳性测试的输出

如何stationarityfractal packageR中进行测试,不将任何输出打印到屏幕上.

例如,shapiro.wilk在将结果设置为变量时进行测试时,它不会给出任何输出,如下所示

lg.day.ret.vec <- rnorm(100, mean = 5, sd = 3)

shap.p <- shapiro.test(lg.day.ret.vec)$p.value
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这是大多数测试的情况,但是当我为stationarity测试做这个时,我在r控制台中获得了一些输出.

library(fractal)

stat.p <- attr(stationarity(lg.day.ret.vec),"pvals")[1]
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N = 2609, nblock = 11, n_block_max = 238, dt =     1.0000
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r output statistical-test

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剪切线以绘制区域并在绘制区域外显示文本

我想限制绘图的可见y范围。为了保留超出此范围的值,我需要设置oob超出范围),rescale_none并且效果很好。

但是,我还要在情节外的空白处添加一些文本。为此,我需要关闭剪辑。这样的结果是,超出界限的值在边距的绘图区域之外绘制。

无论如何,是否在页边距中绘制文本裁剪值以绘制区域?

#  Data
set.seed(1)
df <- data.frame( x=1:100,y=rnorm(100,mean=1,sd=1) )
# Basic plot

library(ggplot2)
library(scales)
library(grid)

g <- ggplot(df)+
geom_line(aes(x,y))


#  Values exceeding scale limits are dropped
g1 <- g + scale_y_continuous( limits = c(0,2) )
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OOB值下降

#  This is what I want
g2 <- g + scale_y_continuous( limits = c(0,2) , oob = rescale_none )
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在此处输入图片说明

#  ...But, I would like to plot some text outside the plotting region
#  and need …
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graphics plot r ggplot2

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添加grid.text到arrange.grob以导出为PNG

我试图创建和导出,作为PNG文件,以3 X 2矩阵排列的几个图.每行(包含两个图)都有自己的X轴.我可以通过grid.text添加其他轴,但是这个grid.text不会与PNG文件一起导出.如何在PNG导出的绘图矩阵中添加其他文本或Grobs?

下面是一个样本2 X 2图表矩阵

a<-rnorm(100,56,3)
b<-rnorm(100,43,6)
c<-data.frame(cbind(a,b))
colnames(c) <- c("A","B")

library(ggplot2)
library(gridExtra)
library(grid)

plot1<-ggplot(c, aes(x=A, y=B))+  geom_point(size=3)+stat_smooth()+
ggtitle("Plot1")+ ylab("Y Axis")
plot1

plot2<-ggplot(c, aes(x=B, y=A))+   geom_point(size=3)+   stat_smooth()+
ggtitle("Plot2")+ ylab("Y Axis")
plot2

plot3<-ggplot(c, aes(x=B, y=A))+ geom_point(size=3)+stat_smooth(se=FALSE)+
ggtitle("Plot3")+ ylab("Y Axis")
plot3

plot4<-ggplot(c, aes(x=A, y=B))+ geom_point(size=3)+ stat_smooth(se=FALSE)+
ggtitle("Plot4")+ ylab("Y Axis")
plot4

grid.arrange(arrangeGrob(plot1,plot2,plot3, plot4,ncol=2,
                         sub=textGrob("A (hr)", vjust=0,gp = gpar(fontsize=20,   fontfamily="Times New Roman")),
                         left=textGrob("                 B (MPH)", rot=90,gp =      gpar(fontsize=18, fontfamily="Times New Roman"), vjust=1)))

grid.text("This is were the additional x-axis goes", x = unit(0.5, "npc"), …
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r annotate ggplot2 grob

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列的xtable斜体格式

我需要xtable在我的Rnw文件中创建的表中插入物种名称,我想将相对列转换为斜体格式.没有任何人工干预可以吗?

我的电话是:

xtable(cklist, caption="Checklist...", align='lllc',label = 'tab:ckzygo')
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r sweave xtable knitr

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如何为在R中使用grid.arrange()创建的每个列赋予标题?

有谁知道是否可以在使用grid.arrange()创建的每一列图表中给出标题?我知道可以为每个图表提供总标题和标题,但我只需要一个列标题.非常感谢你!

grid.arrange(c1b, c2a, c3d, c2b, c3a, c2d, c3b, c1a, c1d, ncol=3, nrow=3)
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r gridextra

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将轴标签包裹在相关矩阵中

我正在尝试使用ggcorr()其中的函数library(GGally)来创建相关矩阵。该包正在按预期工作,但我遇到了一个问题,我想编辑轴标签在绘图上的显示方式。

目前,他们会自动添加 _ 或 . 用空格或其他字符分隔名称。理想情况下,我想在名称中的空格之间创建换行符 (\n),以便可以轻松阅读长名称和短名称,并且不会超出适当的列和行。

我找到了其他人在 SO 上使用的解决方案,包括 using str_wrap(),但它是在一个ggplot()调用中,而不是在这个特定的包中。我已经检查了包的 R 代码,但找不到专门编辑这些标签的位置。每当我尝试编辑 X 或 Y 轴文本时,它都会添加一个全新的轴和一组标签。

我当前将dcast()数据帧放入结果数据帧中,即使当我gsub()“\n”进入玩家姓名列时,它们也会在dcast()转换中丢失。

这是我正在使用的示例。我希望能够在标签的名字和姓氏之间自动创建换行符。

library(GGally)
library(ggplot2)

test <- structure(list(Date = structure(c(17100, 17102, 17103, 17106, 
17107), class = "Date"), `Alexis Ajinca` = c(1.2, NA, 9.2, 6.4, 
NA), `Anthony Davis` = c(95.7, 76.9, 29, 67, 24.9), `Buddy Hield` = c(9.7, 
4.7, 17, 8, 28.3), `Cheick Diallo` = c(NA, NA, 3.2, NA, …
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r ggplot2 ggally

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R 中的协方差参数估计表

我创建了一个随机截距和斜率模型 ( lmer),需要检查随机效应的协方差以确定哪个是显着的。

我已经看到 SAS 输出提供了一个“协方差参数估计”表作为模型摘要的一部分 - 请参阅PROC MIXED“输出 56.2.6 重复测量分析”部分

R 中有没有办法做到这一点(并获得每个协方差的 p 值)?

r covariance lme4

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图指定节点顺序和格式化文本

我正在用来diagrammeR grViz构建流程图。我想指定一些具有相同等级的节点的顺序。在下图中,我希望节点 1 位于中间而不是左侧。另外,我想在“节点2”下划线,但不要“额外细节”。这是代码:

library("DiagrammeR")

grViz(" 
      digraph CFA {
      # Multiple level nodes
      node [shape = rectangle, color=CornflowerBlue]
      a [label = 'Node 1' ]; 

      node [shape = ellipse, color=CornflowerBlue]
      T1    [label = 'Node 2\\nextra detail']; 
      T2    [label = 'Node 3']; 

      {rank = same; a T1 T2}

      # Connect nodes with edges and labels
      a -> T1
      a -> T2
       }


      ")
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任何帮助将非常感激。另外,如果 中存在可以帮助我解决这些自定义问题的资源diagrammeR,请添加一个链接。

r diagrammer

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