小编Kra*_*rab的帖子

我在不同元素之间存储联系人.我想要消除某种类型的元素并存储由被删除元素互连的元素的新联系.

问题背景

想象一下这个问题.你有一个水分子与其他分子接触(如果接触是氢键,我的水周围可能有4个其他分子).如下图所示(A,B,C,D是其他一些原子,点表示接触).

 A   B
 |   |
 H   H
  . .
   O
  / \
 H   H
 .   .
 C   D

我有关于所有点的信息,我需要消除中心的水并创建描述AC,AD,AB,BC,BD和CD的接触的记录.

数据库结构

目前,我在数据库中有以下结构:

表atoms:

• "id" integer PRIMARY KEY,
• "amino" char(3) NOT NULL, (HOH代表水或其他价值)
• 标识原子的其他列

表contacts:

• "acceptor_id" integer NOT NULL, (原子靠近我的氢,这里是C或D)
• "donor_id" integer NOT NULL, (这里是A或B)
• "directness" char(1) NOT NULL, (这应该是D代表直接而W代表水介导)
• 关于联系人的其他列,例如距离

编辑:如何看待前面描述的案例中的数据.

atoms:

id|atom|amino
1 | O  | HOH
2 | N  | ARG  <- atom A from image
3 | S  | CYS  <- …