小编Mat*_*ell的帖子

我使用相当大的数据集(它们仍然适合内存)使用机器学习,我在R中编写了一些计算,我觉得它太慢了.因此,我想用我将从R调用的编译代码替换程序的"关键部分".我手头的一个示例问题是实现前向 - 后向算法.

我的问题是我是否应该学习Fortran或C++来做到这一点？我只需要使用数字向量或矩阵.我主要感兴趣的是哪种语言更容易学习和R界面,我真的不关心哪一个在我的简历上看起来更好.

我已经阅读了R扩展手册,并使用内联包使用一些简单的Fortran和C++代码.我目前的印象是Fortran95会更容易学习,虽然Rcpp包看起来也很有趣.我目前知道R,Python和Matlab.

我目前正在研究Clojure和Incanter作为R的替代品.(不是我不喜欢R,但尝试使用新语言会很有趣.)我喜欢Incanter并且发现语法很吸引人,但是矢量化操作比较慢例如,R或Python.

作为一个例子,我想使用Incanter向量运算,Clojure map和R来获得向量的第一阶差分.以下是所有版本的代码和时间.如你所见,R显然更快.

Incanter和Clojure:

(use '(incanter core stats)) 
(def x (doall (sample-normal 1e7))) 
(time (def y (doall (minus (rest x) (butlast x))))) 
"Elapsed time: 16481.337 msecs" 
(time (def y (doall (map - (rest x) (butlast x))))) 
"Elapsed time: 16457.850 msecs"

R:

rdiff <- function(x){ 
   n = length(x) 
   x[2:n] - x[1:(n-1)]} 
x = rnorm(1e7) 
system.time(rdiff(x)) 
   user  system elapsed 
  1.504   0.900   2.561

所以我想知道有没有办法加速Incanter/Clojure中的矢量操作？还欢迎涉及使用来自Clojure的循环,Java数组和/或库的解决方案.

我还向Incanter Google小组发布了此问题,目前尚无回复.

更新:我已将Jouni的答案标记为已接受,请参阅下面的我自己的答案,我已经清理了他的代码并添加了一些基准测试.

是否有可以与ESS一起使用的Emacs 自动完成模式的R扩展？

如果扩展名不存在,我也会感激任何写作的提示!

我刚从Ubuntu存储库中发现了Ra.有没有人在实际项目中使用它？您是否遇到过任何问题,并且在使用Ra代替R或JIT时是否有任何权衡？

有没有相当于Python的StingIO for Clojure的东西？

我正在尝试编写一个类似于Sweave和Pweave for Clojure 的报告生成/识字编程系统.我目前正在使用临时文件,但我更喜欢使用类似于StringIO的东西.