我正在尝试在R中创建具有可变值的2个热图.我希望缩放颜色和值,以便两个热图的值可比较.现在我正在使用gplot包中的heatmap.2.
MyHeatMap <- heatmap.2(MyData, trace="none", col=greenred)
我的数据来自数字矩阵.我有两个这样的矩阵,其中值的数值范围略有不同,我想为两者创建高质量的热图(不一定要使用样本包).
我有一个 pandas 数据框，其中一行包含以以下格式列出的染色体：“chr1”，“chr2”...
我有一个字典可以将这些值转换为整数 - 例如：
HashTable = {"chr1" : 1, "chr2" : 2, "chr3" : 3, "chr4" : 4, "chr5" : 5, "chr6" : 6, "chr7" : 7, "chr8" : 8, "chr9" : 9, "chr10" : 10, "chr11" : 11, "chr12" : 12, "chr13" : 13, "chr14" : 14, "chr15" : 15, "chr16" : 16, "chr17" : 17, "chr18" : 18, "chr19" : 19, "chrX" : 20, "chrY" : 21, "chrM" : 22, 'chrMT': 23}
我想将数据帧“Chrom”列中的染色体转换为整数值。还有一些在字典中找不到的染色体，我想从数据框中删除。有没有一种简单的方法可以做到这一点？
我想使用文件名中的特定字符拆分文件名.例如:
FileName = MyFile_1.1_A.txt
(File, ext) = os.path.splitext(FileName)
print File
这将给出一个输出:
MyFile_1.1_A
但是,我想得到一个输出:
MyFile_1.1
我怎样才能做到这一点？
我有一个包含基因组数据的文件，我正在尝试为其创建数据的热图以及染色体信息的侧边栏。为了制作热图，我转换了文件中的数值以创建一个数据矩阵，然后我可以绘制该矩阵：
Heatmap <- heatmap.2(DataMatrix, trace="none", col=greenred, key=T, keysize=1.5, labRow=NA, density.info="none", Colv=FALSE)
但是，我想添加一个额外的颜色侧栏来指示所述数据的染色体位置。特别是我想要两种颜色，如果它来自任何其他染色体的“chrX”或“黄色”，则说“黑色”。包含此信息的列不在我的数据矩阵中，我不确定如何将此信息包含到我的热图中。任何帮助将不胜感激！
我有一个数据框，我想删除所有重复的行。例如我的数据框看起来像：
> df <- data.frame(A = c("Happy", "Happy", "Sad", "Confused", "Mad", "Mad"), B = c(1, 2, 3, 4, 5, 6))
> df
A B
1 Happy 1
2 Happy 2
3 Sad 3
4 Confused 4
5 Mad 5
6 Mad 6
我只想获取A中的条目唯一的行：
A B
1 Sad 3
2 Confused 4